PS：此文介绍的工具主要是给一个外国合作者写的，所以文章写成了英文。
对Gaussian计算的IRC轨迹上每个点用PSI4做SAPT分析的辅助工具
A tool for performing SAPT analysis via PSI4 for each point on the IRC trajectory calculated by Gaussian
Sobereva@北京科音 2021-May-10
1 Preface
...
利用Gaussian或ORCA程序把分子结构拉直的几种方法
Several methods to straighten molecular structures using Gaussian or ORCA program
文/Sobereva@北京科音
First release: 2021-May-4 Last update: 2021-Jun-15
1 前言
有人问怎么把...
比SMD算溶解自由能更好的溶剂模型uESE的使用
Use of uESE, a solvent model that is better than SMD for calculating solvation free energy
文/Sobereva@北京科音 2021-Apr-30
1 uESE溶剂模型简介
SMD是如今非常常用的溶剂模型，在《谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算》（http://soberev...
使用Multiwfn做aNCI分析图形化考察动态过程中的蛋白-配体间的相互作用
Using Multiwfn to perform aNCI analysis to graphically study protein-ligand interactions in dynamic process
文/Sobereva@北京科音
First release: 2021-Mar-4 Last update: 2022-Fe...
计算分子动力学轨迹中两个环平面间的距离和夹角
Calculating distance and angle between two ring planes in a molecular dynamics trajectory
文/Sobereva@北京科音 2021-Mar-3
1 前言
在《全面探究18碳环独特的分子间相互作用与pi-pi堆积特征》（http://sobereva.com/572）曾介绍了笔者做...
我对一篇存在大量错误的J.Mol.Model.期刊上的18碳环研究文章的comment
My comment on a cyclo[18]carbon research article in the journal J. Mol. Model. that contains a lot of errors
文/Sobereva@北京科音 2021-Mar-1
1 前言
18碳环（cyclo[18]carbon）具有...
使用Multiwfn绘制分子和固体表面的距离投影图
Using Multiwfn to plot surface distance projection map of molecules and solid surfaces
文/Sobereva@北京科音 2021-Feb-28
1 前言
不止一次在思想家公社QQ群和计算化学公社论坛上有人问我下面的这种图是怎么绘制的
实际上上面这种图就...
使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件
Using Multiwfn to very conveniently create input file of CP2K
文/Sobereva@北京科音
First release: 2021-Feb-22 Last update: 2025-Mar-31
1 前言
CP2K（https://www.cp2k.org）是速度超级快，功能又非...
CP2K第一性原理程序在Linux中的安装方法
Installation method of CP2K first principle program in Linux
文/Sobereva@北京科音
First release: 2021-Feb-16 Last update: 2025-Jan-1
1 前言
CP2K（https://www.cp2k.org）是非常好、功能强大的第一...
计算适用于OPLS-AA力场做模拟的1.2*CM5原子电荷的懒人脚本
A lazy script to calculate 1.2*CM5 atomic charges suitable for OPLS-AA force field simulation
文/Sobereva@北京科音 2021-Jan-28
根据J. Phys. Chem. B., 121, 3864 (2017)中的测试，基于OPLS-AA力场的模拟很适...
使用Multiwfn计算过渡金属的d-band center（d带中心）
Using Multiwfn to calculate d-band center of transition metals
文/Sobereva@北京科音
First release: 2021-Jan-14 Last update: 2022-Jun-2
1 前言
Multiwfn具有灵活强大的绘制态密度（DOS）曲线的功...
使用Gaussian做镧系金属配合物的量子化学计算
Using Gaussian to perform quantum chemistry calculations for lanthanide metal complexes
文/Sobereva@北京科音 2021-Jan-13
0 前言
过渡金属配合物体系的量子化学计算比主族体系的计算通常更复杂，因为在判断自旋多重度方面需要更多考虑，SCF收敛整体更难（d轨...