2021年4月完结动画简评2021年4月完结动画简评 文/Sobereva  2021-May-19 本文是笔者观看过的2021年4月完结的22部全长TV版动画和5部泡面番（时长<=8分钟）的简评，除了《寒蝉鸣泣之时业》看了一半多弃掉外全都完整看完。注意其中多多少少有一些剧透的成份，怕被剧透又想了解哪些值得追的话就看评分就好了。所有新番笔者都看过前几话（扫番过程的粗略观感在 里的相应帖子里写了），没追的要么是笔者对其题材有抗拒（比如恐...

PS：此文介绍的工具主要是给一个外国合作者写的，所以文章写成了英文。 对Gaussian计算的IRC轨迹上每个点用PSI4做SAPT分析的辅助工具 A tool for performing SAPT analysis via PSI4 for each point on the IRC trajectory calculated by Gaussian Sobereva@北京科音  2021-May-10 1 Preface ...

利用Gaussian或ORCA程序把分子结构拉直的几种方法 Several methods to straighten molecular structures using Gaussian or ORCA program 文/Sobereva@北京科音  First release: 2021-May-4   Last update: 2021-Jun-15 1 前言 有人问怎么把...

比SMD算溶解自由能更好的溶剂模型uESE的使用 Use of uESE, a solvent model that is better than SMD for calculating solvation free energy 文/Sobereva@北京科音 2021-Apr-30 1 uESE溶剂模型简介 SMD是如今非常常用的溶剂模型，在《谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算》（http://soberev...

截止到2021年4月13日，使用了Multiwfn波函数分析程序（http://sobereva.com/multiwfn）发表的文章已超过7000篇，用户已遍及世界超过70个国家。下面是第6001~7000篇使用了Multiwfn程序发表的文章的全文pdf合集（其中漏了约十篇文章对应的文件，不好找了。还有个别的没下载权限，用本文本文档代替了）。 百度网盘下载地址（速度慢）：链接：https://pan.baidu.com/s/1zzqw4rnMjF68Rm4tO0t...

使用Multiwfn做aNCI分析图形化考察动态过程中的蛋白-配体间的相互作用 Using Multiwfn to perform aNCI analysis to graphically study protein-ligand interactions in dynamic process 文/Sobereva@北京科音  First release: 2021-Mar-4  Last update: 2022-Fe...

计算分子动力学轨迹中两个环平面间的距离和夹角 Calculating distance and angle between two ring planes in a molecular dynamics trajectory 文/Sobereva@北京科音  2021-Mar-3 1 前言 在《全面探究18碳环独特的分子间相互作用与pi-pi堆积特征》（http://sobereva.com/572）曾介绍了笔者做...

我对一篇存在大量错误的J.Mol.Model.期刊上的18碳环研究文章的comment My comment on a cyclo[18]carbon research article in the journal J. Mol. Model. that contains a lot of errors 文/Sobereva@北京科音  2021-Mar-1 1 前言 18碳环（cyclo[18]carbon）具有...

使用Multiwfn绘制分子和固体表面的距离投影图 Using Multiwfn to plot surface distance projection map of molecules and solid surfaces 文/Sobereva@北京科音  2021-Feb-28 1 前言 不止一次在思想家公社QQ群和计算化学公社论坛上有人问我下面的这种图是怎么绘制的 实际上上面这种图就...

使用Multiwfn结合CP2K通过NCI和IGM方法图形化考察固体和表面的弱相互作用 文/Sobereva@北京科音 First release: 2021-Feb-27  Last update: 2022-Mar-8 1 前言 2010年提出的Noncovalent interaction (NCI)分析，也即Reduced density gradient (RDG)分析，是如今使用极为普遍的图形化考察化学...

使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件 Using Multiwfn to very conveniently create input file of CP2K 文/Sobereva@北京科音 First release: 2021-Feb-22  Last update: 2025-Mar-31 1 前言 CP2K（https://www.cp2k.org）是速度超级快，功能又非...

CP2K第一性原理程序在Linux中的安装方法 Installation method of CP2K first principle program in Linux  文/Sobereva@北京科音 First release: 2021-Feb-16  Last update: 2025-Jan-1 1 前言 CP2K（https://www.cp2k.org）是非常好、功能强大的第一...

计算适用于OPLS-AA力场做模拟的1.2*CM5原子电荷的懒人脚本 A lazy script to calculate 1.2*CM5 atomic charges suitable for OPLS-AA force field simulation 文/Sobereva@北京科音  2021-Jan-28 根据J. Phys. Chem. B., 121, 3864 (2017)中的测试，基于OPLS-AA力场的模拟很适...

使用Multiwfn计算过渡金属的d-band center（d带中心） Using Multiwfn to calculate d-band center of transition metals 文/Sobereva@北京科音 First release: 2021-Jan-14  Last update: 2022-Jun-2 1 前言 Multiwfn具有灵活强大的绘制态密度（DOS）曲线的功...

使用Gaussian做镧系金属配合物的量子化学计算 Using Gaussian to perform quantum chemistry calculations for lanthanide metal complexes 文/Sobereva@北京科音  2021-Jan-13 0 前言 过渡金属配合物体系的量子化学计算比主族体系的计算通常更复杂，因为在判断自旋多重度方面需要更多考虑，SCF收敛整体更难（d轨...