基于原子电荷极快速绘制超大体系的分子表面静电势图

基于原子电荷极快速绘制超大体系的分子表面静电势图 Extremely fast plotting molecular surface electrostatic potential map of very large systems based on atomic charges 文/Sobereva@北京科音   2022-Apr-13 0 前言 笔者之前写过很多和分子表面静电势分析相关的文章，汇总见ht...

使用了Multiwfn发表的第8001~9000篇文章打包下载

截止到2022年2月27日，使用了Multiwfn波函数分析程序（http://sobereva.com/multiwfn）发表的文章已超过9000篇，用户已遍及世界80多个国家。下面是第8001~9000篇使用了Multiwfn程序发表的文章的全文pdf合集（其中漏了几篇文章对应的文件，不好找了。还有个别的没下载权限，用本文本文档代替了）。 阿里网盘（速度很快）：https://www.aliyundrive.com/s/vS8vA8jvQS3 百度网...

使用Sobtop超级方便地创建二茂铁的GROMACS的拓扑文件

使用Sobtop超级方便地创建二茂铁的GROMACS的拓扑文件 Using Sobtop to create GROMACS topology file for ferrocene super conveniently 文/Sobereva@北京科音   2022-Feb-17 0 前言 Sobtop是笔者开发的主要用于产生各种类型体系的GROMACS拓扑文件的程序，可以在主页http://soberev...

2021年度完结动画总评

2021年度完结动画总评 文/Sobereva  2022-Jan-24 此文对笔者完整看过的2021年度完结的91部全长版TV动画和13部泡面番进行总评，共约21万多字。剧场版、OVA之类的都没有纳入其中，因为另有文章。此文只有“2022年1月完结”部分是新写的，2021年4月、7月、10月完结的动画的评论在作品刚完结之时就已经写好并发在了笔者的blog上，在此文只是汇总而已（所以有些文字现在看起来已经out了），不过很多作品的总评分为了...

谈谈分子动力学模拟蛋白-配体复合物过程中配体发生脱离的原因

谈谈分子动力学模拟蛋白-配体复合物过程中配体发生脱离的原因 On the reasons why ligand detaches during molecular dynamics simulation of protein-ligand complex 文/Sobereva@北京科音   2022-Jan-13 有不少人问怎么他做基于经典力场的蛋白质-配体复合物的分子动力学模拟的过程中配体跑出去了。鉴于这个问题被问得...

2021年10月完结动画简评

2021年10月完结动画简评 文/Sobereva  2022-Jan-5 本文是笔者完整观看过的2021年10月完结的17部全长TV版动画和1部泡面番的简评。注意其中多多少少有一些剧透的成份，怕被剧透又想了解哪些值得追的话就看评分就好了。所有新番笔者都看过前几话（扫番过程的粗略观感在http://bbs.keinsci.com/thread-23924-1-1.html里写了），没追的要么是笔者对其题材有抗拒（比如恐怖或者过于低幼），要么...

2021年下半年观看的非TV版动画简评

2021年下半年观看的非TV版动画简评 文/Sobereva  2022-Jan-1 这里对我从2021年7月1日开始截止到2021年12月31日观看的非TV版动画进行简单评论。由于这类动画不好对比和打分，我也就不给出评分了。以往的此系列文章和TV版动画评论见http://sobereva.com右方的“动画评论”分类。 妄想学生会2 剧场版 长度：约80min 妄想学生会系列老是隔三差五就出个OVA，不知道这个企划要延续多久...

谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡

谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡 On the judgement whether molecular dynamics simulation has reached equilibrium 文/Sobereva@北京科音  2021-Dec-24 0 前言 时常有人在思想家公社QQ群里或计算化学公社论坛（http://bbs.keinsci.com）里问关于怎么判断分子动力学模拟中体系是否达到平衡的问题，...
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