计算化学相关的免费的在线数据库及工具
Free online databases and tools related to computational chemistry
这些是我平时收集的和计算化学/分子模拟有关的免费的在线的库和工具，既在线又免费的实用的网站是很有价值的。其中有些对计算有直接帮助，有些则是提供计算所涉及的素材。由于笔者的研究和生物分子结构问题有关，所以列表中包含不少偏生物的内容。由于本文数据量大，内容杂，应善用搜索功能，比如需要找在线对接的服务器就搜“对接”。
下列网址在写入本文时均可访问，若无法访问可尝试代理，若确实网址已改变请告诉我。前面有√的代表比较重要。很多在线工具需要Java运行环境。如果有其它好的免费的化学相关的在线的库或工具欢迎回帖补充，我也会在日后逐渐补充。
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1 在线信息数据库部分
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√ 在线基组和赝势数据库一览：http://sobereva.com/309
pKa和键解离能数据库iBonD：http://ibond.nankai.edu.cn/
简介：南开&清华的人搞的包含大量室温下pKa和键解离能(BDE)数据，有理论数据也有实验数据。
POTLIB势能面数据库：http://comp.chem.umn.edu/potlib/
简介：包含各类体系共约300个势能面的库，势能面是以Fortran子程序来表现的，可以计算出不同核坐标下体系的Born-Oppenheimer能量和导数。virtualchemistry.org：http://virtualchemistry.org/moldb.php
简介：可以从中检索到分子热力学性质，其中一百多个有OPLS-AA和GAFF力场的用于Gromacs的拓扑和结构文件。
lipidbook：http://lipidbook.bioch.ox.ac.uk/
简介：脂力场数据库，可以根据兼容的力场类型、MD软件和脂分子类型来搜索需要的力场数据，并且可以直接下载。
DEGDB：http://www.begdb.com/
简介：包括S22、S66等弱相互作用测试集的由不同理论方法和基组得到的结果，以及这些数据集所含体系的几何结构。
GMTKN30数据库：http://toc.uni-muenster.de/GMTKN/GMTKN30/GMTKN30main.html
简介：GMTKN30是一个全面的检验量子化学理论方法计算精度的测试集，此数据库包含了测试集的参考数据和分子几何结构。
QCLDB II计算化学文献数据库：http://qcldb.ims.ac.jp
简介：免费注册，用户名和密码会立刻发到邮箱里。可以通过基组名、理论方法名、时间、计算的化合物的名称及属性、作者、刊物等方式检索出相应的计算化学文献。搜索功能不是很好用。
√ ChemSpider小分子信息整合数据库：http://www.chemspider.com
简介：是当前众多的在线分子数据库的信息整合，便于用户搜索，数据来自200种数据库。根据分子俗名、系统命名、Smile/InChI字符串、注册号、分子式等方式搜索，会列出分子平面结构、实验测定的和由ACD/Labs、EPISuite、ChemAxon软件预测的理化性质（LogP、LogD(PH=5.5和7.4时)、水溶性、分子体积、密度、沸点、闪点、蒸汽压、气化焓、折光率、可极化率、表面张力、SASA等），以及毒性、分子简介、Smile/InChI/InChIKey字符串、在其它分子数据库中的编号和链接、相关文章及专利、同义词、相关蛋白质、NMR/IR光谱图等诸多信息，某些分子还可以链入web CSD获得三维结构。点击左上角的分子图形窗口上方的3D标签，再点击下方的SAVE，可以获得由Marvin预测的分子的三维结构。
√ SDBS光谱数据库：http://sdbs.db.aist.go.jp/sdbs/cgi-bin/direct_frame_top.cgi
简介：很好的有机化合物光谱数据库，包含六类光谱：EI-MS、FT-IR、H-NMR、C13-NMR、ESR、Raman。含3万余个化合物，其中以商业化学试剂为主，约2/3的数据是6碳至16碳的化合物。数据大部分是其自行测定的，并不断添加。可以通过化合物、分子式、分子量、CAS/SDBS注册号、元素组成、光谱峰值位置/强度方式搜索。
√ NIST化学动力学数据库：http://kinetics.nist.gov/kinetics/index.jsp
简介：包含38000个基元反应的的化学动力学数据，包括指前因子、活化能等信息。搜索方便，比如反应物输入H2和O2就可以搜索相应的反应。
生物核磁共振数据库：http://bmrb.protein.osaka-u.ac.jp/deposit
NIST原子光谱数据库：http://www.nist.gov/pml/data/asd.cfm
NIST双原子、三原子、烷烃的微波光谱数据库：http://www.nist.gov/pml/data/msd-di/
NIST基本物理常数数据库：http://physics.nist.gov/cuu/Constants/index.html
简介；可以查到精确的计算化学中涉及的物理常数及换算关系，如hartree->eV
√ NIST化学数据库：http://webbook.nist.gov/chemistry
简介：是美国国家标准与技术研究院NIST的基于Web的物性数据库。输入分子查找条件，可获得分子量、CAS登记号、各种热力学数据、红外/紫外/气象色谱/质谱等信息，部分分子包含3D结构。
√ NIST计算化学比较和基准数据库(CCCBDB)：http://cccbdb.nist.gov
简介：此数据库包括各种量子化学方法、各种基组下对不同分子的各种属性的计算结果，也包含实验数据。可用来对比不同方法计算结果优劣，此数据库内容在不断增加。
√ 量化频率计算校正因子：http://cccbdb.nist.gov/vibscale.asp
简介：实际上就是CCCBDB的一个子页面，比较重要故单独列出。
Truhlar课题组提供的量化频率校正因子：http://comp.chem.umn.edu/freqscale/version3b1.htm
IUPAC金属络合物稳定常数数据库：http://www.acadsoft.co.uk
注：需要付费，可免费下载试用版。
RESP ESP charge DDataBase(REDDB)：http://q4md-forcefieldtools.org/REDDB/index.php
简介：分子的RESP电荷的数据库
Uppsala Electron Density Server(EDS)：http://eds.bmc.uu.se/eds
简介：获得蛋白质结构一般通过X光衍射得到电子密度分布，然后拟合、优化得到原子坐标。RCSB蛋白质数据库只提供原子坐标，而一部分原始电子密度分布则可以通过此网站得到。
The Electron Microscopy Data Bank(EMD)：http://www.ebi.ac.uk/pdbe/emdb/
简介：提供利用电子显微镜获得的电子密度分布文件，主要是亚细胞级别的生物大分子。可以直接在线观看。一些文献上写着比如EMD-1405，就是指在这个数据库中的编号。
√ 上海有机所化学专业数据库：http://202.127.145.134/scdb/default.htm
简介：十分有用的数据库，免费注册。可获得分子的红外、质谱谱图、结构、物化性质、毒性、生物活性以及相关反应等。还包括中英互译、药品名称检索等功能。
原子间势参数数据库：http://www.dfrl.ucl.ac.uk/Potentials
ChemBioFinder：http://chembiofinder.cambridgesoft.com/chembiofinder/SimpleSearch.aspx
简介：根据分子质量、名称或者自行绘制结构，从几十万分子中搜索，得到二维结构、Smiles、InCHI字符串、分子量等简单信息。
Sigma-Aldrich公司产品数据库：http://www.sigmaaldrich.com/united-states.html
简介：右上角输入化合物的名字，搜索到后进入相应条目，如果在POPULAR DOCUMENTS里面有FTNMR字样，就可以进入察看NMR谱。也可以获得化合物的一些物性数据，但不全面。
百奥知识数据库：http://tong.bioknow.cn/html/sites/database/index.htm
简介：一个生物信息数据库的比较全的列表，每个数据库有简单官方介绍。
UniProt(universal protein resource)：http://www.uniprot.org
简介：整合了Swiss-Prot、TrEMBL、PIR三个数据库，可以得到蛋白质序列、相关文献、人工（有黄色五角星标识）或机器自动生成的注释、所属分类、蛋白质序列特征等丰富信息。还可以进行序列对比、BLAST搜索。
BioPath.Explore：http://www.molecular-networks.com/biopath/index.html
简介：含上千种与生化反应相关的分子和反应的BioPath数据库的在线访问界面。输入分子结构或限定条件（如LogP、分子量、酶的EC号），可以从数据库中找到相关的分子、生化反应和相应的酶的详细信息。
PDB Wiki：http://pdbwiki.org/index.php/Main_Page
简介：基于PDB数据库，对蛋白质进行了简单分类，访问者可以给每个蛋白添加注释。
MOLE db：http://michem.disat.unimib.it/mole_db/index.php?r=1
简介：分子描述符数据库，包括对20多万个分子计算的1000余种分子描述符，可以通过分子登记号、分子名称、分子化学式和各种分子描述符的数值范围进行搜索，查询到分子后可以获得它们的已计算好的各种分子描述符的数值。
DrugBank：http://www.drugbank.ca
简介：记录了5千个左右药物分子及其相应的靶标分子的详细信息，并提供结构文件。
BindingDB：http://www.bindingdb.org/bind/index.jsp
简介：数据库收录了标靶分子和药物小分子的结合亲和性信息，现包含3千余个标靶分子，24万个配体小分子，54万余条结合数据。既可以通过标靶分子查询能与之结合的配体小分子，也可以通过配体小分子查询它的标靶分子，同时给出delta_G、delta_H、-T*delta_S、IC/EC50、PH等信息。
PDTD(Potential Drug Target Database)：http://dddc.ac.cn/pdtd/index.php
简介：此数据库意义不大。通过PDB ID、名称、生化类型、治疗区域查询标靶分子，给出此分子在DrugBank等数据库的链接。
TTD(Therapeutic Target Database)：http://bidd.nus.edu.sg/group/cjttd/TTD_HOME.asp
简介：既可以通过标靶分子查询能与之结合的配体小分子，也可以通过配体小分子查询它的标靶分子，同时给出参考文献、它在其它各个数据库的登记号及链接、相关的疾病、同义词、药物分子是否被推荐等信息，并提供分子结构文件。搜索标靶分子时不仅可以通过它的名称和所属分类，还可以输入残基序列来搜索相似蛋白，搜索配体分子时可以上传结构文件用相似性算法搜索相关配体分子。
CLiBE(Computed Ligand Binding Energy)：http://bidd.nus.edu.sg/group/CLiBE/CLiBE.asp
简介：包含六万多个计算的配体-受体结合自由能数据，包括各个分量能量项以及配体特征。
此网站还有其它几个数据库：
KDBI(Kinetic Data of Bio-molecular Interaction)包含了生物分子反应动力学数据。
TCM-ID(the Traditional Chinese Medicine Database Information Database)传统中国药物数据库。
等等
pKa在线数据库：http://lisa.chem.ut.ee/~ivo/HA.html
简介：包含好几个酸度/碱度在线数据库的连接和简要介绍。
明尼苏达大学非共价相互作用数据库 http://comp.chem.umn.edu/database_noncov/noncovalent.htm
简介：包含了一些非共价相互作用体系的结构、相互作用精确值和一些DFT泛函下的计算值。数据不多。
PDBsum：http://www.ebi.ac.uk/pdbsum
简介：输入PDB ID或者序列，显示蛋白质信息、基本结构特征、结构出处的文献摘要，可调用PROCHECK分析结构，可在线观看3D结构。
DisProt：http://www.disprot.org/index.php
简介：蛋白无序度数据库，包含很多蛋白的无序区域信息，在主页面左边Disorder Predictors提供了不少在线预测无序度的网站。
PK/DB：http://miro.ifsc.usp.br/pkdb
简介：药物分子性质数据库，包含一千多个分子。可以获得药物功能、药代动力学属性（人体小肠吸收、口服药物生物利用度、血浆蛋白结合度、血脑屏障、分布容积、半衰期、肾清除率）。并且免费提供药物分子属性预测服务（不是实时在线的）。
物竞化学品数据库：http://www.basechem.org/
简介：可以查到10万多种小分子的物性、毒性、结构参数、光谱图等数据，内容不很全。
CHESHIRE CCAT：http://cheshirenmr.info/MoleculeSets.htm。
简介：包括105种有机分子的H1和C13 NMR数据。网站还包括了NMR计算方法讨论，给出了不同水平下的校正因子等。还包括一些质子-质子耦合常数数据。
SwissSidechain：http://swisssidechain.ch
简介：包含了230种非标准氨基酸的gromacs和CHARMM的拓扑文件。
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2 结构数据库部分
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The Cambridge Energy Landscape Database：http://www-wales.ch.cam.ac.uk/CCD.html
简介：汇集了许多不同类型的原子和分子团簇的极小点结构和能量。
简介：是一个免费的晶体学数据库，无机、有机晶体数据文件都有，可以直接得到cif文件。在一定程度上可以代替收费的CCDC和ICSD（但数据的完整度和质量可能还有差距）。
√ 美国矿物学晶体结构数据库：http://rruff.geo.arizona.edu/AMS/amcsd.php
简介：可以获得大量无机晶体的晶体学信息和结构文件。
√ 免费索取CCDC晶体数据库结构文件：http://www.ccdc.cam.ac.uk/cgi-bin/catreq.cgi
简介：CCDC晶体数据库本来是收费的，但是从这个页面，可以免费索取1994年之后发布的晶体结构文件，而不必买整个CCDC库。
沸石结构数据库：http://www.iza-structure.org/databases/
简介：可以获得各种沸石的信息和cif文件。
Yoshida的富勒烯结构库：http://www.cochem2.tutkie.tut.ac.jp/Fuller/Fuller.html
简介：提供很多富勒烯、碳纳米管等结构的图片，可在线观看三维结构。可以下载到C60~C100的富勒烯结构文件。这些cc1后缀的结构可以直接在Nanotube Modeler里打开。
纳米管、纳米锥、富勒烯的VRML库：http://jcrystal.com/steffenweber/gallery/NanoTubes/NanoTubes.html
简介：可以下载到一些纳米管、纳米锥、富勒烯、超导化合物晶胞结构的VRML文件(.wrl)，可以下载到C20~C720的富勒烯结构的cc1文件（其中多数也可以在Yoshida的库里下载到）。
GLYCAM寡糖数据库：http://glycam.ccrc.uga.edu/CCRC/Library/index.jsp
√ ICSD无机晶体数据库：http://icsd.ill.fr/icsd/index.php
简介：免费在线提供部分晶体结构信息及cif文件。
√ NDB核酸数据库：http://ndbserver.rutgers.edu
简介：根据NDB ID，获得核酸坐标文件、出处等信息，类似RCSB蛋白质数据库。
PDBbind-CN：http://www.pdbbind.org.cn/index.asp
简介：收集了pdb数据库中的生物分子复合物。给出受体、配体名称、亲和性、序列等信息，可在线观看或下载结构，可根据配体名称、结构搜索含有此配体的复合物。
Binding MOAD：http://www.bindingmoad.org
简介：是PDB数据库的子集，专门收录蛋白-配体复合物的信息。可以根据配体，或者根据蛋白酶的EC分类、功能查询。
MDB（金属蛋白数据库）：http://metallo.scripps.edu
简介：用来从PDB数据库中搜索含有某种金属的蛋白。可以将所含金属、解析度、配体数、金属-配体距离、作者等信息作为检索条件。结果会给出PDB ID等信息，可以下载其Mini-PDB文件，也就是PDB结构文件中只包含金属与配体的那一小段结构，可以直接在线浏览其3D结构。
sc-PDB：http://bioinfo-pharma.u-strasbg.fr/scPDB
简介：收集了PDB数据库中含有可以为药物结合的位点的蛋白。可根据配体、蛋白、结合方式为特征进行搜索。
√ RCSB PDB数据库：http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do
简介：十分重要的数据库，汇集了X-ray衍射、NMR以及少数由模拟预测方法获得的蛋白质/核酸结构，可下载或在线观看。且可以通过给定的氨基酸序列对库内结构做BLAST/FASTA搜索。
HPDB蛋白质数据库：http://hpdb.hbu.edu.cn
简介：河北大学的蛋白质数据库，可通过此库间接下载到RCSB蛋白质数据库的文件。有中文PDB文件格式的介绍，比较有用，还有另外一介绍蛋白质的些文章。
√ ZINC化合物虚拟筛选数据库：http://zinc.docking.org/index.shtml
简介：根据自定义的化合物的性质，在800万种以上可买到的产品中进行筛选。可以下载到结构文件。
√ PubChem：http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov
简介：NCBI下属的小分子数据库，包括化合物、物质、生物活性三大数据库，含上千万条目并不断增加。可通过分子结构、名称、分子式、分子量、XLogP、氢键信息方式查询。可以得到分子的简介、化学结构、XLogP（自动计算）、同义词、生物活性、毒性、药理学信息及分类、SMILE和InChI/key字符串、相似化合物、2D的SDF文件。一些结构还有3D SDF结构文件，进入条目后可在页面最下面点SDF按钮保存，可被一些软件直接读取，如ChemBio3D。是一个很有用的获得小分子三维结构的方法。
SuperNature天然产物数据库（貌似已经挂了）：http://bioinformatics.charite.de/supernatural
简介：几万种天然产物数据库，可通过名称、结构、相似度、LogP、分子量、分子式等信息搜索，也可以绘制结构或根据结构模版搜索，可在线观看结构，并获得净电荷、偶极矩、手形中心数目、可旋转键数目、氢键受/配体等信息。
蛋白质pKa数据库(PPD)：http://www.jenner.ac.uk/PPD
蛋白质分类数据库(CATH)：http://www.cathdb.info
简介：其中结构来自PDB数据库，半自动地对每个结构根据二级结构、形状、拓扑、同源性进行了分类，可以根据这些特点进行分类查询。
蛋白质结构分类数据库(SCOP)：http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop
简介：和CATH的功能类似，包含几万个蛋白质结构。但是是人工对每个蛋白结构进行分类，比CATH的分类更为合理。结构分类基于四个层次：class、fold、superfamily、family。
结构相似蛋白质家族数据库(FSSP)：http://srs.ebi.ac.uk/srsbin/cgi-bin/wgetz?-page+LibInfo+-id+5Ti2u1RffMj+-lib+FSSP
简介：此数据库对pdb数据库中的结构使用Dali算法进行了相似度计算，用以找到相似蛋白质。
VIPERdb二十面体病毒衣壳结构数据库：http://viperdb.scripps.edu
简介：包含X光衍射和低温电子显微镜测得的病毒衣壳分子结构文件，不仅可以下载对称唯一部分的pdb文件（这从RCSB数据库也能得到），还可以获得由其组成的半个或整个衣壳的pdb文件（根据单体的对称信息构建的）。同时还可以得到描述衣壳对称特征的格子的pdb文件，可以在VMD里用DynamicBond方式在调大成键判断阈值后显示出来。也会给出子单元数、T数、半径、SASA、表面净电荷等信息、二级结构、各残基SASA、单体间连接方式等。
http://pdbtm.enzim.hu
简介：收集了RCSB蛋白质数据库中所有跨膜蛋白，可以下载结构文件或在线观看结构。
Nucleic Acids Research分子生物学数据库专题：http://nar.oxfordjournals.org/content/39/suppl_1
简介：包含近200种分子生物学数据库介绍，免费访问。
Protein-RNA Interface Database (PRIDB)：http://pridb.gdcb.iastate.edu
简介：蛋白质-RNA界面数据库，是RCSB蛋白质数据库的子集，指出了蛋白质与RNA存在相互作用的残基，用户也可以自行上传pdb文件进行预测。另外还提供了一些其它的预测蛋白质与核酸相互作用的残基的在线工具的链接。
√ Protein-Protein Interactions：http://bip.weizmann.ac.il/toolbox/structure/protein-protein.htm
简介：收集了一批和蛋白质-蛋白质相互作用有关的数据库和工具。
PDBIdb：http://melolab.org/pdidb/web/content/home
简介：蛋白质-DNA界面数据库，可以下载完整pdb文件或只下载相互作用界面的pdb文件，可直接调用NUCPLOT绘制出DNA与蛋白质残基相互作用的拓扑关系图。还给出了各个相互作用位点的所属类型（氢键、疏水、离子键等）、接触方式（核酸骨架、大凹槽、小凹槽），可以直接在网页内嵌的JMol里用图形表示出来。
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3 在线工具部分
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Group Additivity Based Estimates：http://webbook.nist.gov/chemistry/grp-add/
简介：利用Benson的片段加和的方法，快速预测分子气相下的焓、熵、等压热容。分子可以直接在线画，也可以上传.mol文件（用gview就可以产生）。
MemBuilder II：http://bioinf.modares.ac.ir/software/mb2/
简介：生成磷脂膜、胶束、脂质体的在线工具。
molcalc：http://molcalc.org
简介：在线绘制分子结构，然后自动调用GAMESS-US进行量子化学计算。得到分子表面、轨道图形、热力学量等等基本分子属性。轨道信息在HF/STO-3G级别下产生，其它性质在PM3级别下得到。操作很简单，计算速度很快，很适合教学目的。
PPM Server：http://opm.phar.umich.edu/server.php
简介：上传跨膜蛋白的pdb文件，此程序就能自动把跨膜区域标示出来。与之对应的是Orientations of Proteins in Membranes (OPM)数据库（http://opm.phar.umich.edu），专门存放各种跨膜蛋白
MDWiZ：http://barongroup.medchem.utah.edu/tools/mdwiz/index.php
简介：用于将gromacs的tpr文件转换为lammps的输入文件
在线分子坐标格式转换器：http://www.webqc.org/molecularformatsconverter.php
RECCR在线工具：http://reccr.chem.rpi.edu/software.html
简介：包含了一系列单机或者在线工具。其中
RECON用于快速计算电荷密度。PROTEIN RECON是专用于蛋白的
PEST用于计算PEST描述符，对于描述分子间相互作用有用
PESDserv用于高通量对比蛋白-配体表面
DIXEL用于计算DNA沟槽表面的静电势和平均局部离子化能
MASKER contacts & MASKER voids用于快速计算溶剂可及表面积
RS-WebPredictor用于
Chemical Identifier Resolver (CIR)
简介：可用于SMILE字符串到SMART字符串的转换，例如http://cactus.nci.nih.gov/chemical/structure/CCO/file?format=smarts就把SMILE字符串CCO转换为SMART字符串以文本格式显示在网页上了
Wolf2pack：http://kepler.scai.fraunhofer.de:8080/
简介：获得小分子Parm99SBGAFF和ExTrM力场参数的工具
LOOPP：http://clsb.ices.utexas.edu/web/loopp_server.html
简介：输入序列，进行同源模建。
DOCK/PIE(RR)：http://clsb.ices.utexas.edu/web/dock.html
简介：蛋白-配体在线对接工具。提供相应pdb文件即可。
http://molmovdb.org/
简介：生物大分子运动数据库和分析程序。收集了一些用于大分子结构分析比较、表面积/体积/口袋计算工具，含有很多大分子运动模式的描述和动画，也可以提供大分子不同构象的pdn来生成它们之间的变化动画。
ViewMotions：http://viewmotions.bc.edu/
简介：提交两个对应于同一分子的两个构象的pdb文件，就可以将两个构象之间的变化过程用彩虹图表现出来。
ParamChem：https://www.paramchem.org
简介：提交小分子pdb或mol2文件，生成力场参数。需要注册，目前每周只允许每个用户提交100个分子。不好用，提交的分子结构总是报错。
1-Click Docking：https://mcule.com/apps/1-click-docking/
简介：操作极为简单的分子对接工具。只需要画出配体结构或输入对应的描述字符串，上传受体结构或输入对应的PDB ID，就可以一键对接。结果可以在线观看，也可以将pdb文件下载到本地。
gCP-D3：http://wwwtc.thch.uni-bonn.de/
简介：对B3LYP/6-31G*进行校正，得到B3LYP-gCP-D3/6-31G*下的能量，这个能量比B3LYP/6-31G*的能量有所改进，尤其是弱相互作用。只需提供结构文件即可。
MolDiam：http://moldiam.bio-log-software.com/
简介：计算分子直径，由于用的是椭球模型，因此会输出三个直径。上传pdb文件即可，不一定必须是蛋白的pdb文件。
hi-ho：http://www.ric.hi-ho.ne.jp/asfushi/
简介：用于计算cremer-pople在JACS,97,1354定义的描述非平面环体系构象的pucker参数，输入pdb格式的坐标即可。
OpenTox：http://apps.ideaconsult.net:8080/ToxPredict
简介：绘制结构，然后可预测各种毒性数据，以及LogP、Pka等性质。
ToxCreate：http://www.toxcreate.org/create
简介：导入训练数据，生成毒性预测模型。
Automated Topology Builder(ATB)：http://compbio.biosci.uq.edu.au/atb/
简介：这是个在线计算与gromos力场兼容的分子力场参数的网站，提交pdb文件即可。另外还提供很多已经算好的小分子以及预平衡的体系的结构和gromacs拓扑文件。
OBGMX：http://software-lisc.fbk.eu/obgmx/
简介：生成gromacs的基于UFF力场的拓扑文件
X1s方法校正B3LYP的生成焓：http://www.xdft.org/dft/Xmethods/X1s.html
简介：B3LYP计算的生成焓准确度有限，徐昕等人提出的X1s是通过神经网络方法校正B3LYP生成焓的方法，可以将准确度提升不少，但比起Gn、CBS系列方法的准确度还是有差距。在本机将计算体系做振动分析后，将电子能量、ZPE等数据填进网站的表格里，就可以得到校正后的能量。
RCMD 3-D QSAR：http://www.3d-qsar.com
简介：在线3D QSAR工具，预置了200多种3D QSAR模型。通过在线绘制或者直接粘贴SMILE字符串来提交分子。
确定分子点群、计算转动常数：http://www.colby.edu/chemistry/PChem/scripts/ABC.html#Help
TPACM4电荷计算：http://www.scfbio-iitd.res.in/software/drugdesign/charge.jsp
简介：TPACM4是一种通过查表方式迅速获得近似RESP电荷的方法，比AM1-BCC更快，结果比较可靠。只需提交pdb文件就能很快获得近似的RESP电荷。支持的元素有C, H, O, N, S, P, F, Cl, Br。
PDB文件加氢工具：http://www.scfbio-iitd.res.in/software/drugdesign/addh.jsp
BAPPL：http://www.scfbio-iitd.res.in/software/drugdesign/bappl.jsp
简介：计算蛋白和配体（非金属）间的结合自由能，需上传含有受、配体的pdb文件。
BAPPL-Z：http://www.scfbio-iitd.res.in/software/drugdesign/bapplz.jsp
简介：同BAPPL，但是专门计算含锌的金属蛋白。
PreDDICTA：http://www.scfbio-iitd.res.in/software/drugdesign/preddicta.jsp
简介：预测DNA-药物相互作用强度。
ParDOCK：http://www.scfbio-iitd.res.in/dock/pardock.jsp
简介：基于蒙特卡罗方法的蛋白质-配体刚性对接服务器。
DnaDOCK：http://www.scfbio-iitd.res.in/dock/dnadock.jsp
简介：基于蒙特卡罗方法的DNA-配体对接服务器，输入DNA的序列、小分子的pdb及其总电荷即可。
预测蛋白质结构中的活性位点：http://www.scfbio-iitd.res.in/dock/ActiveSite_new.jsp
输入序列和参数生成DNA三维结构：http://www.scfbio-iitd.res.in/software/drugdesign/bdna.jsp
提交pdb结构计算分子体积：http://www.scfbio-iitd.res.in/software/utility/VolumeCalculator.jsp
简单分子力学优化蛋白质结构：http://www.scfbio-iitd.res.in/software/proteomics/promin.jsp
计算Wiener指数：http://www.scfbio-iitd.res.in/software/drugdesign/wienerindex.jsp
PROSECSC预测蛋白序列二级结构：http://www.scfbio-iitd.res.in/software/proteomics/secstr/index.jsp
√ Dali server：http://ekhidna.biocenter.helsinki.fi/dali_server
简介：输入PDB ID或者上传PDB，服务器会对此结构与PDB数据库中的结构用dali算法计算，将其中有一定结构相似度的PDB列出。通过复选框选择几个结构，可以对比序列，以及在线观看它们重叠后的3D结构。Dali Database(http://ekhidna.biocenter.helsinki.fi/dali/start)每年更新两次，如果是在更新日期以前发布的pdb，可以直接在Dali Database里面查询之前已算好的结果，而不必在Dali server里面重新计算。
√ Xemistry Web Sketcher：http://www.xemistry.com/edit/frame.html
简介：非常好的在线绘制平面分子结构的工具，它的一大好处是不需要安装java运行环境或其它插件，也不必等待缓慢的载入过程，打开网页直接就可以用。绘制结构方便，界面简洁，还可以进入模版页面直接调用基团。在绘制过程中可以实时生成SMILE、InChI等字符串，可以自动将当前绘制的结构在化学结构数据库中检索，立刻得到它的比如CAS编号、PubChem CID编号、名称等信息。绘制的结构可以导出为mol、ChemDraw的CDX、Sybyl的sln等格式，还可以导出png/gif等图形、pdf文件、swf文件等。也可以直接输入Smile字符串，或者上传分子结构文件来导入此编辑器。
POLCH：http://84.113.253.84/~polch/index.php
简介：基于PB方法计算蛋白质溶解自由能，输出文件中会被分解为极性、色散、孔径部分的贡献，还会输出分子表面积、分子体积。除了水还支持甲醇、乙醇、辛醇、环己烷溶剂，还可以设为以膜环境为“溶剂”，可设定溶剂的温度。POLCH计算方法的特点是基于GPU加速（CUDA），所以速度很快。将鼠标移到Jobs并在下拉框中选择Submit a job（如果没出现下拉框，重新点击Jobs标签，页面被刷新后再移到Jobs上就会出现下拉框），然后上传pdb文件并进行简单设定即可。
VADAR：http://redpoll.pharmacy.ualberta.ca/vadar/index.html
简介：上传pdb文件或提供pdb ID，可以对蛋白质结构质量进行检验，例如显示氢键，显示残基的ASA、品质指数、体积、所属二级结构、phi/psi值，做Rama图，显示氢键列表等。
Molsoft：http://www.molsoft.com/mprop
简介：此网站提供了几个在线工具，在页面左侧Online Tools选择。PDB Viewer可以输入pdb id观察直接调用jmol在线观看蛋白。2D to 3D Converter可以绘制二维结构，直接生成smile字符串，并且观看三维结构。Chemical Search可以搜索与输入的分子相似的分子以及其销售商。Drug LIkeness可以绘制分子二维结构，然后预测LogP、LogS(水溶性)、分子极性部分面积、计算分子体积，预测这种分子是否有可能作为药物。ODA可以在线进行Optimal Docking Areas方法计算蛋白表面的相互作用位点，结果可以以免费的ICM-browser打开。
生成分子的3D pdf文件：http://85.214.71.72/pdf3d
简介：Acrobat从8.0开始就支持内嵌3D对象的pdf文件，可以直接在pdf文档中旋转这些3D对象。此网站只要输入分子的PubChem中的CID号（可从PubChem网站搜分子名得到），就可以得到内嵌了这个分子3D对象的pdf文件，还可以设定显示方式。免得用acrobat 3D从可视化软件中捕捉3D对象的麻烦。
分析分子的片断：http://85.214.71.72/fragment
简介：可以上传结构或者绘制结构，程序会通过UNIFAC或Sedlbauer-Majer算法分析分子是由哪些片断构成的，以及数目分别是多少，以此帮助确定分子的物理和化学性质。例如异戊二烯，程序会分析出CH3、CH2=CH、CH2=C三种片断各有1个。
分子标识符转换：http://cactus.nci.nih.gov/chemical/structure
简介：以Smile/InchI字符串、分子名称等标识符输入分子，然后转换为其它分子标识符或者分子平面图形，比如输入aspirin转化为CAS注册号。也可以通过网址方式直接转换，网址格式是http://cactus.nci.nih.gov/chemical/structure/"输入标示符"/"输出方式"，例如要将2-丁烯转化为分子平面图形，可输入http://cactus.nci.nih.gov/chemical/structure/2-butene/image。
另外还可以输出通用的或某些软件特有格式的文件，例如将CAS注册号为119-65-3的分子转化为pdb格式，只需输入http://cactus.nci.nih.gov/chemical/structure/119-65-3/file?format=pdb。还支持输出cif、gjf、gromacs、mol2、sdf等格式的文件，把format=后面改成这些名字即可。
OPSIN：http://opsin.ch.cam.ac.uk
简介：输入化合物名字，生成分子平面图形、InChI、SMILES字符串。
在线生成金刚石结构（包括同晶体结构的硅、锗）：http://turin.nss.udel.edu/research/diamondonline.html
在线生成石墨结构：http://turin.nss.udel.edu/research/graphiteonline.html
在线生成碳纳米管结构：http://turin.nss.udel.edu/research/tubegenonline.html
ADIT蛋白质检查工具：http://deposit.rcsb.org/adit
简介：可以自行上传pdb文件，通过Validate操作，自动通过PROCHECK程序绘制出各种图表用以检查蛋白质。包括ramachandran图，chi1-chi2图，主链/侧链信息图（解析度标准偏差、不合理接触等）、二级结构图、扭转角分布、键长距离分布、侧链上平面结构偏差分布、主链键长键角扭曲情况。
webPIPSA(Protein Interaction Property Similarity Analysis)：http://pipsa.eml.org/pipsa
简介：上传pdb/pqr或输入pdb ID，自动调用APBS/UHBD计算它们的静电势，根据一定规则绘制成距离矩阵，并做簇分析。可以分析不同蛋白质在相互作用上的相似性。可以下载到运行期间的中间文件，包括转化后的pqr和计算得到的grid格点文件，可被vmd等软件读取。
CASTp：http://sts-fw.bioengr.uic.edu/castp/calculation.php
简介：找出某蛋白所有口袋或孔洞，并得到它们的容积和表面积，有助于研究潜在的配体结合位点。
Q-SiteFinder：http://www.modelling.leeds.ac.uk/qsitefinder
简介：以甲基为疏水探针，找出蛋白质上配体可能结合的位点，结果以Jmol在线显示。号称成功率和速度都比Pocket-Finder要好。
Pocket-Finder：http://www.modelling.leeds.ac.uk/pocketfinder/
简介：基于几何结构寻找蛋白质中的口袋，直接在线图形化显示结果。
PPI-Pred：http://bmbpcu36.leeds.ac.uk/ppi_pred
简介：通过上传pdb文件或指定PDB ID，预测蛋白质（或DNA）之间的结合位点。
Fpocket、MDPocket、HPocket：http://bioserv.rpbs.univ-paris-diderot.fr/fpocket/
简介：FPocket用来找蛋白质中的口袋，可以在线观图形化显示结果，类似Q-SiteFinder；MDPocket用来分析动力学过程中各个口袋的保守性，结果以等值面显示；HPocket用来考察同源蛋白中保守的口袋。
SFoldRate预测蛋白质折叠速率：http://gila.bioengr.uic.edu/lab/tools/foldingrate/fr0.html
XLOGP3：http://www.sioc-ccbg.ac.cn/software/xlogp3
简介：上传MOL、SDF等格式的文件在线计算LogP，由上海有机所提供。
CORINA：http://www.molecular-networks.com/online_demos/corina_demo.html
简介：通过SMILE字符串得到分子的结构文件
http://www.molecular-networks.com/online_demos/corina_demo_interactive
简介：在线绘制分子结构，利用CORINA生成的立体结构立刻可以显示出来，其结构文件也可以下载
MN.CONVERT：http://www.molecular-networks.com/online_demos/convert_demo
简介：功能类似Babel的不同格式的结构文件转换。但这只是demo版，所以支持的格式没正式版的多。
MN.IMAGE：http://www.molecular-networks.com/online_demos/image_demo
简介：输入2D的SDF文件，生成gif、bmp、png等几种格式的分子平面图像。
MN.TAUTOMER：http://www.molecular-networks.com/online_demos/tautomer_demo
简介：输入SDF文件或SMILE字符串生成异构体结构文件（描述拓扑关系）。
一些有用的晶体学工具：http://www.cryst.ehu.es
GETAREA：http://curie.utmb.edu/getarea.html
简介：计算分子SASA和溶解能，服务器不太稳健
DockingServer：http://www.dockingserver.com/web/?
简介：在线分子对接，须注册，对免费用户功能有限制
GLYCAM在线构建糖、糖蛋白结构：http://glycam.ccrc.uga.edu/ccrc/biombuilder/biomb_index.jsp
MolEdit：http://159.149.163.21/moledit.htm
简介：在线绘制2D结构，自动转化为三维坐标文件，支持格式很多。
√ E-Babel：http://www.vcclab.org/lab/babel
简介：相当于在线版的Babel，可以支持几十种结构文件格式的转换。注意不要打开浏览器弹出窗口过滤功能。
√√ ALOGPS：http://www.vcclab.org/lab/alogps
简介：在线上传分子结构，计算LogP、LogS(水溶性)、PKa、SMILE字符串等信息。支持分子结构格式十分多。
E-DRAGON：http://www.vcclab.org/lab/edragon
简介：DRAGON的在线版本，可以计算20类1600多种分子描述符，用于研究分子结构与活性或属性的关系、分子相似性和高通量筛选。首先点击upload data，上传smile、mol2或sdf文件（如果只含2D信息应当选择一种转换为3D的方法），然后关闭此页面，点submit your task，之后开始计算，算完后会出现“--- downloaded”字样，此时在红色底色的VCCLAB字样右边选Results as text，点inspect "results.txt"就能看到结果。
√ Parameter Client：http://www.vcclab.org/lab/pclient/
简介：是DRAGON、ETState等程序的整合的接口，可以方便地计算3000多种分子描述符，比如拓扑指数、LogP、LogD、密度、极性表面积、不饱和指数等等。
√ Opal Dashboard：http://ws.nbcr.net/opal2/GetServicesList.do
简介：一大批软件的在线计算工具，包括MEME（搜索一组DNA/蛋白序列中的基序），APBS（解PB方程得到静电势分布、溶解自由能），PDB2PQR（往pdb格式中添加原子半径信息，转为apbs等软件所需的pqr文件），Prepare receptor/GPF（创建pdbqt、GPF文件），Autogrid（计算autodock所需的格点文件），Autodock（分子对接），FIMO，GLAM2，GLAM，GOMO。
在线版PDB2PQR：http://nbcr.sdsc.edu/pdb2pqr
Prodrg 2.5：http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/prodrg/
简介：输入结构或者在线绘制结构，生成gromacs等软件的拓扑文件，以及加过氢的pdb、gro、mol结构文件。支持gromos87/96力场，支持结构优化。
Karlsberg+：http://agknapp.chemie.fu-berlin.de/karlsberg/index.php
简介：基于线性PB方程在线计算蛋白质Pka
PROPKA：http://propka.ki.ku.dk
简介：输入PDB ID或者上传pdb文件，计算pKa。输出结果包括每个残基的pka，不同PH下的蛋白去折叠化能、最稳定时的PH值，折叠与去折叠时在不同PH下所带电荷、等电点PH、缓冲能力。虽然独立状态的氨基酸的pKa是已知的，但在蛋白中由于受到周围其它氨基酸的影响pKa会发生改变，故此程序有助于正确判断在不同PH环境下模拟蛋白质时氨基酸所应处的质子化态。
H++：http://biophysics.cs.vt.edu/H++/
简介：通过隐式溶剂(GB/PB)和分子力学模型计算pK_1/2（滴定曲线的Y=0.5的PH位置，与pKa含义不完全相同）、滴定曲线，并根据指定PH自动将结构质子化
PCE-pKa：http://bioserv.rpbs.jussieu.fr/cgi-bin/PCE-pKa
简介：基于MEAD程序数值求解PB方程，计算蛋白质残基的pK_1/2、滴定曲线。
PCE-pot：http://bioserv.rpbs.jussieu.fr/cgi-bin/PCE-Pot
简介：输入pdb id或pdb文件，绘制蛋白表面的填色静电势图。如果输出格式选择为.gjf，将得到蛋白旋转的动画，能更好展现静电势。
ProBuilder：http://nova.colombo58.unimi.it/probuilder.htm
简介：输入蛋白质序列和预期的二级结构生成蛋白结构文件
√ PLATINUM：http://model.nmr.ru/platinum
简介：此程序基于分子疏水势的概念。上传受体/配体结构文件后计算，会显示分子总面积、极性面积、非极性面积的大小。得到的疏水势格点文件可保存也可以在线自动调用Jmol观看，以不同颜色描述分子的疏水/亲水性质，可以直观了解受、配体不同方式的的结合能力。对于脂体系可以显示2D疏水图。
√√ MarvinSketch：http://www.chemaxon.com/marvin/sketch/index.jsp
简介：一款功能强大的绘制分子结构、反应式并计算相关性质的软件的在线版，需要java运行环境，载入较慢。可自行绘制也可以直接通过名字生成结构(edit-import name)，可以直接从模版库/基团库中插入结构(insert-template library/group)，可以保存结构文件到本地。可以显示周期表(view-periodic table)，获得smile字符串(选中分子，edit-save as smile，然后随便找个文本框paste)，显示3D结构(view-Open MarvinView3D/Space)，给出结构的名字(tools-Naming)，得到分子式、分子量、元素组成(tools-Elemental analysis)，绘制滴定曲线、计算PKa、等电点、获得指定PH环境下的被质子化/去质子化后的结构(tools-Protonation)，计算LogP、LogD(tools-partitioning)，计算原子电荷、极化率、轨道电负性(tools-charge)，获得互变异构体、立体异构体(tools-isomers)，计算各个异构体的能量、做简单分子动力学(tools-conformation)，结构拓扑分析、优化并计算能量、计算SASA(tools-geometry)，显示氢键供体/受体原子数目、Huckel分析、计算折射率、显示共振结构、获得结构框架(tools-other)。在程序下方文本框中可以使用Chemical term语言编写表达式来通过性质筛选分子、计算属性。亦可免费下载此软件的单机版。
MarvinSpace：http://www.chemaxon.com/marvinspace/applet.html
简介：在线的基于java的分子可视化程序，使用Opengl库，支持pdb、mol和cub格点文件。可用NewCartoon等方式显示蛋白质骨架结构，可以用几种方式显示分子表面，并在上面用颜色显示包括静电势在内的几种信息。缺点是程序载入很慢。
REDS(RESP ESP charge Derive Server)：http://q4md-forcefieldtools.org/REDS
简介：在线计算RESP电荷，注册十分麻烦。
计算RRKM反应速率：http://phd.marginean.net/rrkm.html
DynDom：http://fizz.cmp.uea.ac.uk/dyndom/runDescription.jsp
简介：输如蛋白质分子的两个构象，可分析出构象变化所绕着的旋转轴，以及导致结构变化的关键残基。结果可以用rasmol程序显示。
StrucTools：http://helixweb.nih.gov/structbio/basic.html
简介：可以绘制蛋白质二级序列图，计算主链氢键，绘制B因子-残基图，计算残基所占体积并绘图，计算残基SASA，做Ramachandran图，做蛋白质旋转的gif/mpeg动画。
TarFisDock(Target Fishing Dock)：http://www.dddc.ac.cn/tarfisdock
简介：反向对接程序，提供小分子结构，寻找受体蛋白。国内可能需要国外代理才能访问，速度比较慢。
PharmMapper：http://59.78.96.61/pharmmapper/
简介：上传药物小分子mol2文件，使用反向药效团匹配方法从PharmTargetDB数据库中寻找药物靶标，进而预测化合物的生物活性。尽管也可以通过反向对接实现此目的，但这种方法速度更快。
VRML File Creator：http://cactus.nci.nih.gov/vrmlcreator
简介：通过smile字符串或者结构文件，创建VRML(.wrl)文件。比如可以导入Acrobat 3D，在pdf文档中演示分子的立体结构。
w3DNA：http://w3dna.rutgers.edu
简介：输入核酸PDB ID或上传结构文件，分析其碱基结构参数。也可以在线搭建新的核酸结构。
WebMO：http://www.webmo.net/demo/index.html
简介：提供了友好的GUI界面，可以在线绘制或导入结构并调用服务器上的Gaussian、Gamess、Mopac、Molpro、NWChem、QChem、Tinker程序进行量化/分子力学计算。对于免费用户WebMO提供了guest帐户登入，但运算时间限制在60秒以内，在缺乏计算条件下可以应急使用。
估算REMD模拟适宜的温度设定：http://folding.bmc.uu.se/remd
在线蛋白质分析工具列表：http://www.bioinf.org.uk/servers
PBT Profiler：http://www.pbtprofiler.net
简介：输入化合物代码或在线绘制结构，快速预测此化合物对环境污染的情况，包括在各种环境下的半衰期和分布状况、生物累积性、毒性等。
√ WHAT IF：http://swift.cmbi.ru.nl/servers/html/index.html
简介：提供了十分丰富的蛋白质模拟相关工具。包括同源模建、检查和修复蛋白结构、残基突变、蛋白结构分析、可及表面计算、分析氢键、补全质子、原子间不正当接触检测、计算盐桥、生成FlexDock输入文件等等。
3D-JIGSAW：http://bmm.cancerresearchuk.org/~3djigsaw/
简介：输入氨基酸序列进行蛋白同源模建的在线工具，提交任务几个小时后会收到电子邮件反馈计算结果。
SPINUS-WEB：http://www2.chemie.uni-erlangen.de/services/spinus/
简介：绘制或上传结构，得到H-NMR光谱数据。但需要Chime插件，比较麻烦。
TeleSpec IR Simulator：http://www2.chemie.uni-erlangen.de/services/telespec/simuframe/index.html
简介：通过神经网络方法获得红外光谱。在左上角点New Query，弹出窗口中四项都要填，然后关闭弹出窗口，再点START SIMULATION按钮。在填色矩阵中点红球，下方就会出现预测的红外光谱。
MolProbity：http://molprobity.biochem.duke.edu/index.php
简介：蛋白质、核酸结构检测工具。首先输入PDB ID或者上传pdb文件，服务器会自动对结构进行一些修改，然后就会进入主界面。主界面上方有一些操作，点击add hydrogens会进行加氢成为全原子结构。之后点analyze all-atom contacts and geometry对结构合理性进行分析，参数用默认即可，之后就会得到评价结构质量的指标数据，可以将各项指标以列表形式显示出来(Multi-criterion Chart)以得知哪些残基有问题；也可以在线调用KiNG查看三维结构(Multi-criterion kinemage)，结构中不合理的地方会用特有的符号标识出来，例如绿色的为不合理的二面角（在Rama图合理区域之外），桔色说明此残基是不合理的侧链旋转异构体，一团红线说明那个地方有不合理的接触，一堆绿点说明那里有氢键等等，详见molprobity原文。在主界面的Popular Downloads可以在文件列表中下载或直接查看所有操作生成的中间文件。
Ramachandran plot：http://dicsoft1.physics.iisc.ernet.in/rp/
简介：绘制Rama图的工具，可输入PDB ID或自行上传。可设定的选项较多，除了作图，还可以进行分析，比如有多少残基在合理区域外。
绘制Ramachandran图的工具：http://www.fos.su.se/~pdbdna/input_Raman.html
简介：输入PDB ID绘制rama图，可以只绘制某几个链，可以选择只绘制哪几类残基，并会以不同颜色表示。
Hex Server：http://hexserver.loria.fr
简介：分子对接程序Hex Protein Docking的在线服务器，提交受体配体pdb文件进行计算，最终获得对接结果的pdb文件。采用了CUDA加速，速度很快。
√ FROG 2：http://bioserv.rpbs.jussieu.fr/cgi-bin/Frog2
简介：上传sdf、mol2文件或粘贴smile字符串，生成分子各种可能的构象（构象搜索）以及异构体的立体结构文件。
Mobyle@RPBS：http://mobyle.rpbs.univ-paris-diderot.fr/cgi-bin/portal.py
简介：一大批单机程序的统一的在线界面，从左上角选择要执行的程序。一般通过smile字符串、sdf、mol2、pdb、FASTA序列输入（选择文件后，等一会儿，在文本框出现文件开头部分时说明已上传完成）。可以同时执行多个任务，会显示在Jobs标签页里。
**Sequence里面是研究序列的相关工具
**以下是Drug分类下属的部分工具简介
AMMOS：小分子能量最小化
DG-AMMOS：依靠distance geometry算法生成一个小分子的3D结构
ADME-Tox：根据指定规则筛选输入的小分子集
DeSalt：将输入的结构中的盐去掉
XScore-LogP：使用原子加和算法加上校正因子计算LogP
OpenBabel：OpenBabel的在线版，用于诸多分子结构格式相互转换
**以下是Structure分类下属的部分工具简介
--Analysis
ASA：计算pdb文件的ASA（可及表面积），可列出每个残基的贡献
H-bonds：列出蛋白中的所有氢键，可显示氢键受体、配体、氢键距离和键角
Dihedral Angles：计算蛋白质骨架和侧链的二面角（即phi, psi, omega, chis）
plotSC：以chi1/chi2为坐标，绘制蛋白中每种残基的散点图
PCE-pKa：可以计算出每个残基间相互作用能，蛋白质等电点，残基的PKa，不同PH下每个残基的质子化态和体系总电荷数。但是不支持太大体系。
PCE-pot：PB方法计算静电势，可以得到以不同颜色映射在蛋白质表面的静电势图。
avp：分析蛋白中不能被溶剂接触的空穴
ExtractTurn：识别出蛋白中的Turn
p-sea：识别并用字符串显示蛋白质的二级结构
stride：获得蛋白质二级结构信息
--Edition
AddHydrogens：给蛋白质加氢
Dihedral Angle：根据ppx文件的定义修改蛋白质的二面角（phi, psi, omega, chi）
PDBTM：使用指定的4*4坐标变换矩阵来得到新的蛋白质结构
Side Chains Substitution：自行输入序列，将上传的蛋白质结构中序列与之不符的残基换成输入的残基，但不会对替换后的残基原子位置进行优化。
BasicBuilder：输入蛋白质序列以及对应的构象序列，生成3D结构
--Predictions
HCA：疏水簇分析
SSPro、psipred：预测蛋白二级结构
Coudes：预测beta-turn位置
CysState：预测半胱氨酸二硫键状态，适合链内二硫键研究，不适合链间的。
PredAcc：预测蛋白质残基侧链相对溶剂可及程度
PEP-FOLD：从头预测蛋白质三维结构，支持9~36个残基的情况。
--Mutations：PoPMuSic：预测蛋白突变稳定性，也可以在这里执行http://babylone.ulb.ac.be/popmusic/
--Homology、Quality_Assessment：一些同源模建相关工具
--Pockets：一些从蛋白质结构中识别口袋的工具
--Superposition：使两个蛋白位置重叠的工具
ezSpectrum在线版本：http://groupwiki.usc.edu/ezSpectrum.html
简介：上传初始态和目标态的从头算频率计算输出文件（支持Gaussian、GAMESS、Q-Chem、Molpro等），计算振动分辨的跃迁光谱图。ezSpectrum程序也可以在此网站上下载，意义类似于FCClasses程序。
Zhang Lab的各种蛋白质分析的在线工具：http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/services/
I-TASSER与LOMETS：输入序列，预测蛋白质结构。
MUSTER：使用新的方法做蛋白质穿线(threading)。
PSFLoger：输入蛋白质pdb文件，从蛋白质数据库中寻找结构、功能与之相似的蛋白。
TM-fold：输入两个蛋白质pdb文件，通过结构对齐算法计算结构相似性，并预测在SCOP/CATH中属于相同分类的概率。
TM-score：计算两个蛋白质结构拓扑相似性。
TM-align：使用动态规划和TM-score旋转矩阵快速、精确地对齐蛋白质结构
MM-align：基于TM-score旋转矩阵使用启发式迭代和动态规划对齐多聚体蛋白复合物结构
SVMSEQ：使用支持向量机算法预测蛋白质残基-残基接触
ANGLOR：基于机器学习算法预测蛋白质骨架扭转角
REMO：通过优化骨架氢键网络由alpha-C坐标构建蛋白质原子结构
HAAD：对只含重原子的蛋白质结构补氢，依据是减小氢的空间重叠并且趋于形成氢键。
上述程序一部分可以免费下载单机版。
UCLA-DOE的一些在线工具：http://www.doe-mbi.ucla.edu/services
简介：SAVes与Verify3D用来分析检验输入pdb结构的可靠性。Internal Repeat Finder可以寻找输入序列中的重复片段。此网站还另有很多在线数据库、蛋白晶体数据分析、序列分析、结构预测工具。
NetSurfP：http://www.cbs.dtu.dk/services/NetSurfP/
简介：输入蛋白的氨基酸序列，会预测每个残基的相对/绝对溶剂可及表面积，预测形成alpha螺旋、beta折叠、Coil的概率等。
Flexweb：http://flexweb.asu.edu/software/first/first_online_newsim/ （已失效）
简介：在线执行FRODAN程序生成分子的各种构象，可以分析很大体系，如蛋白。需要在options for FRODAN analysis里把Use FRODAN dynamics打上对勾。访问时需要用户名和密码，需要先在http://flexweb.asu.edu/register/注册。
SymmDock：http://bioinfo3d.cs.tau.ac.il/SymmDock/
简介：多聚体蛋白往往只有单体的结构信息。利用此在线程序，输入蛋白质单体和对称阶数（Cn点群），将通过基于结构的对接方法生成多聚体结构。结果很快就会通过电子邮件通知用户。
PatchDock：http://bioinfo3d.cs.tau.ac.il/PatchDock/
简介：基于形状互补原理进行分子对接，输入的受体和配体可以是蛋白、DNA、药物小分子（可以蛋白-蛋白对接）。结果很快就会通过电子邮件通知用户。
FireDock：http://bioinfo3d.cs.tau.ac.il/FireDock/
简介：此程序可以将刚性蛋白-蛋白对接的结果进一步结构优化和打分，解决刚性对接时由于未考虑柔性导致的缺陷。
Molgen：http://molgen.de/?src=documents/molgenonline
简介：输入分子式，点Submit就可以生成满足这个分子式的所有可能的结构，结果可以在右侧Jmol程序上观看（得稍等一会儿）。还可以对生成的结构加以限制，比如环的大小、原子价态、原子数目范围、不同类型键的数目等。
WEBnm：http://apps.cbu.uib.no/webnma/home
简介：上传结构文件，计算并在线观看蛋白质的最低简正振动模式，数据可导出。也可以比较几个aligned的蛋白的简正振动模式。
√ExPASy(Expert Protein Analysis System)：http://expasy.org/tools
简介：一大批在线蛋白质、基因序列分析工具列表，一部分是ExPASy本身提供的，有的是外链，有的程序可以下载到单机版。介绍其中几个很有用的：
Translate/Transeq：将核酸序列翻译成氨基酸序列。
Reverse Translate：将氨基酸序列反向翻译成核酸序列，可以自定义编码子。
ProtParam：输入氨基酸序列，得到氨基酸数、等电点、分子质量、各类氨基酸比例、正/负电荷氨基酸数目、分子式、消光系数、在哺乳动物/酵母/大肠杆菌中的半衰期、不稳定指数、疏水性。
Compute pI/Mw、ScanSite pI/Mw：计算等电点。
Radar、REP、REPRO、TRUST、XSTREAM：寻找所给的序列中重复性高的部分。
SAPS：对氨基酸序列进行统计分析。
Coils、Paircoil、Multicoil：预测氨基酸序列中卷曲螺旋区域。
Three-/one-letter amino acid converter：使单字符和三字符形式描述的氨基酸序列相互转换。
Protein Colourer、Colorseq：输入氨基酸序列，指定各种氨基酸用什么颜色字体显示，使观看清楚。其实在word里通过“搜索”中的“突出显示所有...”的功能批量设定某些字符的颜色也可以轻易实现。
Randseq：随机生成一定长度的氨基酸序列，各类氨基酸比例可自行设定。
ProtScale：计算蛋白质序列各个位置的极性、疏水性、跨膜趋势、形成各种二级结构的可能性等问题。算法很简单，对每种氨基酸预置了不同的描述符（比如Roseman给出的Ala的疏水性是0.390、Val是1.300），然后依次循环每个残基，将当前残基和周围几个残基（称作Window）的描述符通过权重加和得到此残基位置的性质，并自动绘制“性质.vs.残基号”的图。Windows size如果设为i，表明将当前残基前后(i-1)/2的残基纳入加和范畴，可以设定windows的边缘残基相对于当前残基的相对权重以及权重函数衰减形式。
BLAST：对核酸或氨基酸序列进行相似性搜索。
STRAP：对多个蛋白质、核酸的结构和序列进行对齐（序列对齐时考虑了结构相似性），预测跨膜区域和二级结构。需要JAVA运行环境。
TLSMD：上传晶体学测定的大分子pdb文件或输入PDB ID，预测域的运动模式，结果可以与B因子相互对应。
TopMatch：提供两个pdb结构，对序列和结构进行对齐
SignalP：预测信号肽区域。神经网络(NN)方法结果中，S大的区域代表这部分是信号肽区域可能性大；C越大的位置越有可能是剪切位点；Y综合考虑了C和S值，C越大、S变化越陡的地方Y越大，越有可能是切割位点。
PeptideCutter：输入氨基酸序列，预测蛋白与蛋白酶和化学物质作用后潜在的断裂位点。
Secondary structure prediction分类：一大批蛋白质二级结构预测工具。其中PSIpred预测准确率较高，速度快、且结果十分直观。
PROSITE：这个数据库收集了有特定功能性（比如某种催化活性、易于与某种小分子结合）以及用于对蛋白家族分类的域的序列模式。有些氨基酸序列找不到较高同源性的蛋白，但是如果整体或其中一部分序列与数据库中的序列模式特征相符，则可以预测其功能、划归它的所属家族。输入氨基酸序列即可从中寻找各种相符的序列模式。
Pattern and profile searches分类：提供了一批搜索PROSITE及相关数据库的工具，比如InterProScan、Hits。
PSORT、TargetP：输入氨基酸序列，预测蛋白在亚细胞级别出现的位置。
DAS、HMMTOP、PredictProtein、SOSUI、TMHMM、TMpred、TopPred：通过氨基酸序列预测哪些区域是跨膜区域。其中SOSUI还可以很形象地给出蛋白质的形态。
SWISS-MODEL：著名的自动化的蛋白质同源模建工具。有结构已知的同源性较高的模板序列时可以直接用Automated Mode，提交目标序列即可；也可以自行将目标序列与几条模板序列对齐（起码其中一个结构是一致的）然后提交进行比较建模，即Alignment Mode。同时提供结构质量评估工具(Tools-Structure Assessment)，二级结构、无序性、跨膜区域预测和特征域扫描工具(Tools-Domain annotation)。
CPHmodels、ESyPred3D、Geno3d、Phyre、Fugue、HHpred、LOOPP、SAM-T08、HMMSTR/Rosetta：在线同源模建工具，直接提交目标序列即可。
Anolea、PROCHECK、ProSA-web、QMEAN：提交pdb文件，检查、分析蛋白质结构模型的质量，是否存在不合理性。
SwissDock：基于EADock DSS的在线分子对接，提交蛋白和小分子结构文件，然后指定对接的空间区域即可。
DisEMBL、POODLE：预测蛋白各残基无序度。
GlobPlot：预测蛋白各残基无序度、球状程度和跨膜区域。
MeDor：预测蛋白各残基无序度和二级结构。
MakeMultimer：有些多聚体分子pdb文件只有对称唯一部分的坐标，而REMARK信息BIOMT段落中记载了变换矩阵用于生成完整多聚体结构，MakeMultimer就是利用这些信息生成完整多聚体的pdb文件的在线工具，也可以下载python脚本MakeMultimer.py离线使用。注意当原子数超过100000时有bug，应当将原子序号那一列向左移一行。
EBI PISA：输入大分子结构（蛋白、核酸），预测可能的结合进而形成四级结构的界面。
SIM+LALNVIEW、LAGLIGN：对两个序列进行对比。
Decrease redundancy：输入一批序列，剃掉相似度高于或低于一定标准的序列，也可以指定只保留多少个序列。
CLUSTALW：用著名的CLUSTALW程序对多个序列进行对齐，并获得距离矩阵。输出的dnd文件可用于Treeview程序显示进化树。
KALIGN、MAFFT、Muscle、T-Coffee、MSA、DIALIGN、Multalin、MUSCA：类似于CLUSTALW的多序列对齐工具，算法各不同。
MaxAlign：多序列对齐后，对于某些分析来说gap较多的序列没什么意义，MaxAlign以一定方法去掉这些序列。
ESPript：输入多序列对比结果和二级结构预测结果等信息，绘制ps或gif图像。目前（2011年1月27日）ExPASy提供的网址有误，应为http://espript.ibcp.fr/ESPript/ESPript/index.php。
WebLogo、plogo、GENIO/logo、SeqLogo：输入多序列对齐的结果，绘制sequence logos，根据图案中各个位置的总高和每个字母的相对高矮，可以直观地获知一大批序列中哪些位置保守性好、同一位置不同类型核苷酸/氨基酸出现的相对几率。
PVS：输入多序列对齐的结果，图形描述不同位置序列可变程度的高低（某位置出现的残基种类越多、概率越相近，可变程度越大）。可以选择Shannon、Simpson、Wu-Kabat三种计算方法。
SwissParam：http://swissparam.ch
简介：意义类似prodrg，输入有机小分子mol2文件，生成用于CHARMM/NAMD和GROMACS模拟的拓扑、参数文件。力场参数基于MMFF，但只保留谐振项部分。电荷基于MMFF。范德华参数采用CHARMM22中最接近的原子类型。这样的参数比较粗糙，有优化的余地。
EMBL-EBI：http://www.ebi.ac.uk/Tools/webservices/
简介：提供了不少和蛋白、核酸的序列、结构分析相关在线工具，很多已经在ExPASy部分介绍了，这里介绍几个其它的：
DaliLite：http://www.ebi.ac.uk/Tools/dalilite/。给定两个pdb文件，对结构进行比较。
MaxSprout：http://www.ebi.ac.uk/Tools/maxsprout/。给定只有蛋白质Alpha-C的pdb文件，自动生成骨架和侧链结构。
√SoapLab：http://www.ebi.ac.uk/soaplab/。分子生物学工具EMBOSS(The European Molecular Biology Open Software Suite)的在线服务器，集合了超过百余种蛋白质和核酸分析工具，比如预测二级结构、预测跨膜区域、预测结合位点、数据库搜索、计算序列间距离、多序列对齐、计算等电点、计算核酸熔点等等。
√NCBI BLAST：http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Web&PAGE_TYPE=BlastHome
简介：NCBI提供的在线BLAST程序，可以对核酸、蛋白在数据库中进行BLAST搜索，也可以对多个序列进行对齐，可以绘制距离树。
PredictProtein：https://www.predictprotein.org
简介：输入氨基酸序列，预测蛋白质诸多性质并且做BLAST搜索。预测内容包括二级结构、跨膜区域、蛋白在生物体内位置、二硫键、残基无序度、蛋白质-蛋白质及蛋白质-DNA结合位点、整体呈球状的程度等等。
CHARMMing：http://charmming.org/charmming/
简介：在线版本的CHARMM，准备、模拟、分析工作都通过网页对话框进行。免费注册。对IE浏览器支持不好，如果登陆后左侧选项列表不能显示建议改用FireFox。
http://www.charmm-gui.org/
简介：CHARMM、NAMD、Gromacs输入文件的在线创建工具。
DrugScore ONLINE：http://pc1664.pharmazie.uni-marburg.de/drugscore/
简介：上传蛋白、配体结构，对结合模式进行打分。特点是结果可以以图形化表示（需Pymol），使用位于原子的蓝色、红色球形表示在当前配体结构下对结合有利和不利的原子，球的大小表明影响程度大小，以此帮助改进配体结构。
DOCK Blaster：http://blaster.docking.org
简介：受体-配体在线对接程序，使用UCSF DOCK进行对接。给定受体结构后可以对ZINC数据库进行虚拟筛选寻找潜在的药物小分子。
ChemWriter：http://chemwriter.com
jsMolEditor：http://chemhack.com/jsmoleditor/
OLN JSDraw：http://www.olncloud.com/oln/jsdraw/
简介：三款简单好用的绘制分子二维结构图的工具，功能虽不算丰富，但能应付大多数需要诸如Chemdraw完成的绘图工作，加载速度很快，不需要JAVA插件。很适在Windows平台以外的平台下绘图。
ChemDB：http://chemdb.ics.uci.edu
简介：ChemDB集合了很多功能，有两个比较重要：
进入ChemicalSearch，可以根据SMILE字符串、化合物的注释、名称、XLogP、分子式、分子质量、可旋转键数目、氢键受/配体数目、来源、子集（比如是否属于FDA审核通过的药物）进行搜索，可得到分子的SMILE/InCHi字符串、二/三维结构文件，预测的LogP、表面积、溶解自由能等信息。
进入Virtual Chemical Space，输入分子SMILE字符串，可以对其进行一步一步的逆合成分析，逐渐构建出完整合成路径。可以指定利用哪些反应，可以设定打分权重（以此对多种合成路线优劣进行排序）。实际使用效果并不好。
另外，ChemDB还提供了一些分析分子特征的实用工具：
COSMOS：输入SMILE字符串或其它只有分子二维结构的数据，生成三维结构文件。可以一次提交一批，可以指定生成多少种异构体。
Smi2Depict：输入一个或一批SMILE字符串，绘制出二维图形，图像宽高等信息可自行设定。
Babel：转换文件格式。但是并不全部支持单机Babel所支持的格式。
MolInfo：输入SMILE字符串，绘制出二维图形，并获得分子式、名字、分子量、氢键受体/给体数、化学键数、手性键数等信息。
Reaction Processor：输入一批分子SMILE字符串或结构文件，以及描述化学反应的SMIRK字符串，输出所得产物的SMILE字符串或结构文件。
Pattern Match Counter：输入一批分子SMILE字符串或结构文件，以及描述官能团的SMART字符串（一种专用于描述分子子结构的类似SMILE的格式），计算分子中有多少个官能团。
Pattern Count Screen：输入一批分子SMILE字符串或结构文件，以及描述官能团的SMART字符串，筛除含有指定类型指定数目的分子。
MSFragment：输入分子SMILE字符串和碎片的SMART字符串，计算质谱中可能产生的各种分子碎片。
Mass2Structure：输入分子量a，和阈值b，查找原子量在a±b内的分子。也可以同时将分子式、调整质量、子结构（即查询到的结构必须与输入结构有相同子结构）纳入搜索条件。
Docking At UTMB：http://docking.utmb.edu/index.php
简介：基于AutoDock Vina的在线对接、虚拟筛选工具。注册是免费的，只有注册后才能对Maybridge、Chembridge、ZINC子集数据库进行虚拟筛选，没注册的话用anonymous作为用户名和密码登陆，但只能做单个配体的对接，上传受体、配体文件，指定活性区域即可。
ProfiLIB：http://duvel.silicos.be:16080/profilib
简介：上传描述分子的smile字符串或SD文件，计算分子描述符、生物活性，包括配位效率、结合能、柔性、手性中心数、cLogP、对各类酶的活性等等。
TMDET：http://tmdet.enzim.hu
简介：上传提供蛋白质结构文件，预测跨膜区域。
BindN：http://bioinfo.ggc.org/bindn
简介：输入蛋白FASTA序列，预测与RNA/DNA存在相互作用的残基，速度很快。
PiRaNhA：http://bioinformatics.sussex.ac.uk/PIRANHA/
简介：类似BindN，但只能预测与RNA存在相互作用的残基，速度较慢。
POLYVIEW-2D：http://polyview.cchmc.org
简介：输入PDB ID或上传蛋白质结构，对蛋白序列进行注释。也就是使用图形方式显示蛋白质序列上各个位置二级结构、残基暴露在溶剂中的程度、物理化学属性（疏水、两亲、极性、带电性），图片可以以ps或tiff格式下载。
SABLE：http://sable.cchmc.org
简介：功能类似POLYVIEW-2D，但只需输入蛋白序列而不必提供结构，另外还可以选择调用MINNOU预测跨膜区域。
POLYVIEW-3D：http://polyview.cchmc.org/polyview3d.html
简介：输入PDB ID或上传大分子结构文件并设定作图参数，调用Rasmol或PyMol生成高质量渲染好的分子结构图片或者旋转动画。
SPPIDER：http://sppider.cchmc.org
简介：输入PDB ID或上传蛋白质结构文件，或者只输入蛋白质序列，预测相互作用残基。也可以输入复合体的结构分析其中的相互作用残基，结果可以直接在内嵌的JMol程序中图形化表示出来。
Nucleic Acids Research的在线服务器专题：http://nar.oxfordjournals.org/content/38/suppl_2
简介：含122个分子生物学分析的服务器的介绍，内容免费访问。
http://botdb.abcc.ncifcrf.gov/menuPages/home.jsp
简介：提供了Blast、PSI-Blast序列搜索工具，ClustalW、SSearch序列联配工具，DSSP二级结构分析工具，IC50与Ki通过Michaelis-Menten方程相互转换工具。
MODWEB:http://modbase.compbio.ucsf.edu/ModWeb20-html/modweb.html
简介：蛋白质比较建模工具，需提供Modeller的key。
ROBETTA:http://robetta.bakerlab.org
简介：蛋白质结构预测服务，输入序列后首先要做Ginzu，用来预测域，同时二级结构与会被预测，等结果出来后在结果查看页面中才能选择做全三维结构预测。另外，Rosetta.design可以用来预测序列对蛋白骨架的兼容性，RosettaDock用来做蛋白-蛋白对接，RosettaBackrub用来做柔性骨架蛋白结构的建模和设计。还能做界面丙氨酸扫描、对DNA-蛋白复合物中蛋白残基进行突变以研究哪些残基对结合有主要贡献。
汉堡大学生物信息中心的一些在线工具：http://www.zbh.uni-hamburg.de/en/servers.html
WURST和SALAMI：序列联配和蛋白质结构预测工具。
FTreesWeb：从上千个化合物数据库中寻找与你输入的化合物相似的化合物。
PoseViewWeb：提交的复合物三维结构，将其中配体与周围残基间各种相互作用清晰地以二维图形表示出来，有点类似ligplot的感觉。
SMARTSviewer：将输入的SMILE字符串画成二维分子结构图，并且各种类型化学键、各种类型原子以不同风格绘制。
PPI Server：上传蛋白复合物的pdb文件，计算蛋白间的相互作用的三种成分百分比：Permanent、Transient、Crystal artifacts。
DoGSiteScorer：上传蛋白pdb文件，预测和分析可能的活性位点。
AsteriX：http://swift.cmbi.ru.nl/bitmapb/access/runit.html
简介：可以将分子结构从pdf文件中的图形中提取出来
RmSquare Calculator：http://203.200.173.43:8080/rmsquare/
简介：评判QSAR/QSPR模型预测质量的在线工具。提交实测值和预测值即可。