root用户在用openmpi并行计算时避免加--allow-run-as-root的方法

root用户在用openmpi并行计算时避免加--allow-run-as-root的方法

文/Sobereva @北京科音   2018-Mar-4


OpenMPI从2.0开始有个变态要求,即如果用户是root,则通过mpirun来并行运行程序时,会提示
mpirun has detected an attempt to run as root.
Running at root is *strongly* discouraged as any mistake (e.g., in
defining TMPDIR) or bug can result in catastrophic damage to the OS
file system, leaving your system in an unusable state.
然后不给算。如果非要算的话,必须mpirun命令带上--allow-run-as-root参数。这个设计在我来看极其讨厌、多管闲事!我在自己机子上从来都是用root账户,因为没权限限制,畅通无阻。只要我还没有变得脑痴,根本不会因为用了root而把系统搞坏。

对于某些程序,要想避免每次运行时都手动加上--allow-run-as-root倒也不难,比如跑DIRAC程序,环境变量里设定export DIRAC_MPI_COMMAND="mpirun -np 36 --allow-run-as-root"就完了。但是有些程序解决起来没这么简单,比如ORCA就是,在.bashrc里添加alias mpirun='mpirun --allow-run-as-root'或alias orca='orca --allow-run-as-root'也都不行。

为了彻底去掉OpenMPI变态的要求,干脆直接改源码。洒家发现这很简单:在编译openmpi之前,分别修改openmpi目录下的
orte/tools/orte-dvm/orte-dvm.c
orte/tools/orte-submit/orte-submit.c
orte/tools/orterun/orterun.c
在里面都搜索if (0 == geteuid,将对应段落(一直到这个if对应的}符号为止)删掉,然后编译,OpenMPI就不会因为发现是root还没用--allow-run-as-root而报错退出了。

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