将Gaussian的IRC任务输出转换为.xyz轨迹文件的工具:GauIRC2xyz

将Gaussian的IRC任务输出转换为.xyz轨迹文件的工具:GauIRC2xyz

文/Sobereva @北京科音

 First release: 2015-Mar  Last update: 2021-Oct-9


以前有人问诸如怎么得到Gaussian产生的IRC每个点的结构、怎么得到IRC中某个几何变量的变化。于是抽空写了这个程序解决此问题。

GauIRC2xyz 1.2.2下载地址:http://sobereva.com/soft/GauIRC2xyz_1.2.2.zip。其中带.exe后缀的是Windows版可执行文件,无后缀的是Linux下的可执行文件。

此程序用于将Gaussian的IRC任务的输出文件转换为同目录下同名的.xyz轨迹文件。启动后输入文件名即可。trimerization.out是示例输入文件,trimerization.xyz是转换出来的轨迹。

.xyz轨迹格式很简单,见《谈谈记录化学体系结构的xyz文件》(http://sobereva.com/477)。很多程序都可以支持.xyz轨迹文件,比如VMD,它使得分析IRC过程中各个变量的变化很方便。比如想看IRC中某个键长度的变化,将.xyz轨迹文件载入VMD,然后按键盘上的2,点击相应两个原子,然后进Graphics - Labels,下拉框选Bonds,选中相应的项,选 Graph标签页,点Save即可将轨迹中这两个原子间距离保存到指定的文本文件中。