将Gaussian的IRC任务输出转换为.xyz轨迹文件的工具

以前有人问诸如怎么得到Gaussian产生的IRC每个点的结构、怎么得到IRC中某个几何变量的变化。于是抽空写了这个程序解决此问题。

 

GauIRC2xyz 1.0下载地址(Windows版,含源码,亦可自行在Linux下编译):/usr/uploads/file/20150610/20150610031550_32568.rar

 

此程序用于将Gaussian09的IRC任务的输出文件转换为同目录下同名的.xyz轨迹文件。启动后输入文件名即可。trimerization.out是示例输入文件,trimerization.xyz是转换出来的轨迹。

 

.xyz 轨迹格式很简单,很多程序都可以支持.xyz轨迹文件,比如VMD,它使得分析IRC过程中各个变量的变化很方便。比如想看IRC中某个键长度的变化, 将.xyz轨迹文件载入VMD,然后按键盘上的2,点击相应两个原子,然后进Graphics-Labels,下拉框选Bonds,选中相应的项,选 Graph标签页,点Save即可将轨迹中这两个原子间距离保存到指定的文本文件中。

已有 2 条评论

  1. 气宗小混混

    Chemcraft有类似的功能,不过IRC的顺序是错误的。
    群主提供的程序很好!!

  2. zhlu929

    灰常感谢!

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