VMD的APBS插件提示...unreadable的解决方法

VMD的APBS插件提示...unreadable的解决方法

文/Sobereva   写于约2008年


这个插件是有bug的,mailing list也有报告,但是没给出解决方法。

实际上这个问题是由于APBS插件写入apbs.in里面的pqr文件路径有误导致的。

虽然偶尔莫名其妙地通过改临时文件路径解决了,但大多数情况并不奏效

解决方法是:

照常操作,点击Run之后出现...unreadable

然后进入生成的临时文件夹,比如c:\apbs.27460,修改apbs.in里面mol pqr后面的pqr路径成为正确路径

然后进入dos提示符,进入此目录,手动运行apbs apbs.in             //之前把apbs.exe路径加入系统-高级-环境变量-PATH环境变量中

在此目录下得到.dx文件,根据任务不同,文件名会不同

进入VMD载入pqr文件,再把这个.dx文件加载进此分子ID中,就行了,然后该干什么干什么。

PS:实际上也可以改apbsrun.tcl,就是麻烦点,有兴趣者不妨尝试。

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