将prodrg得到的itp转化为rtp的程序itp2rtp V1.0

将prodrg得到的itp转化为rtp的程序itp2rtp V1.0

文/Sobereva   写于2008年


通过prodrg获得的小分子.itp文件中,原子的顺序总是发生变化,无法直接include使用。如果分子数目较少可以手动修改,但对于磷脂层这样分子数众多的情况就十分麻烦。

笔者开发了itp2rtp程序以解决此问题。此程序对.itp的格式进行简单的转换,输入.itp文件,得到result.rtp,其中的内容可以拷进力场的.rtp中,在pdb2gmx中相应力场就 认识了此分子。pdb2gmx读进去的结构如果原子顺序和itp中不符,输出的结构就会按照rtp中的顺序进行排列,与itp相符,使用这样的结构就可以 直接在拓扑文件中include小分子.itp文件了。

使用方法:输入文件名即可,如c:\pop.itp
此处pop.itp为prodrg得到的.itp文件,不要修改格式。

下载地址/usr/uploads/file/20150602/20150602213936_34328.rar

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