原子-残基B因子/rmsf转换小工具ba2r

原子-残基B因子/rmsf转换小工具ba2r

文/Sobereva@北京科音


文献一般都是比较残基的B因子或者RMSF,而一般算出来的都是原子的B因子或者RMSF,寡人写的这个ba2r工具就是用来将它们转换的,ba2r会输出残基号和残基B因子/RMSF两列内容,方便作图。输入的pdb不需要做任何修改,带着各种注释性的文字无妨,会自动跳过去。

ba2r下载地址http://sobereva.com/soft/ba2r.rar

B因子转换为RMSF的公式为RMSF^2=B*3/8/pi^2,参见Biochemistry, 48, 7986–7995 (2009) DOI: 10.1021/bi900811p(文中搜RMSF可找到),大家用这个程序的时候可以引用此文章


软件的Readme:

此软件有三个功能
1.将pdb中的原子B因子转换为残基B因子(原子B因子取平均)
2.将gmx rmsf输出的或者此软件第3个功能输出的原子RMSF的.xvg转换为残基的RMSF(原子RMSF取平均)
3.将蛋白质原子B因子转换为原子的RMSF


运行后首先输入选择哪个功能,然后输入文件名,例如D:\study\sob.pdb,处理完的结果存于程序当前目录下。输出的文件名见提示。

pdb中的B因子单位都是埃^2,RMSF的单位都是nm

第一个和第三个功能需要输入pdb文件。第二个功能需要输入pdb文件和原子的RMSF文件,两个文件内容需要对应,pdb用来判断出哪些原子属于哪些残基。

例如,将1.pdb的B因子转化为残基的RMSF。首先用第3个功能得到其原子的RMSF文件rmsf-atomic.txt,再选择第2个功能,分别输入1.pdb和rmsf-atomic.txt即可得到rmsf-residue.txt。


输入的pdb不必事先手动处理,不必删掉开头或者TER,会自动选择读取其中有用内容。
输入的.xvg如果来自GROMACS的gmx rmsf,开头的内容也无需手动删掉,会自动略过。


有问题请联系寡人sobereva[at]sina.com。