原子-残基B因子/rmsf转换小工具ba2r

Date: June 5, 2015

原子-残基B因子/RMSF转换小工具ba2r
ba2r: Atom-residue B factor/RMSF conversion tool

文献一般都是比较残基的B因子或者RMSF，而一般算出来的都是原子的B因子或者RMSF，寡人写的这个ba2r工具就是用来将它们转换的，ba2r会输出残基号和残基B因子/RMSF两列内容，方便作图。输入的pdb不需要做任何修改，带着各种注释性的文字无妨，会自动跳过去。

B因子转换为RMSF的公式为RMSF^2=B*3/8/pi^2，参见Biochemistry, 48, 7986–7995 (2009) DOI: 10.1021/bi900811p（文中搜RMSF可找到），大家用这个程序的时候可以引用此文章。

软件的Readme：

此软件有三个功能
1.将pdb中的原子B因子转换为残基B因子（原子B因子取平均）
2.将gmx rmsf输出的或者此软件第3个功能输出的原子RMSF的.xvg转换为残基的RMSF（原子RMSF取平均）
3.将蛋白质原子B因子转换为原子的RMSF

运行后首先输入选择哪个功能，然后输入文件名，例如D:\study\sob.pdb，处理完的结果存于程序当前目录下。输出的文件名见提示。

pdb中的B因子单位都是埃^2，RMSF的单位都是nm

第一个和第三个功能需要输入pdb文件。第二个功能需要输入pdb文件和原子的RMSF文件，两个文件内容需要对应，pdb用来判断出哪些原子属于哪些残基。

例如，将1.pdb的B因子转化为残基的RMSF。首先用第3个功能得到其原子的RMSF文件rmsf-atomic.txt，再选择第2个功能，分别输入1.pdb和rmsf-atomic.txt即可得到rmsf-residue.txt。

输入的pdb不必事先手动处理，不必删掉开头或者TER，会自动选择读取其中有用内容。
输入的.xvg如果来自GROMACS的gmx rmsf，开头的内容也无需手动删掉，会自动略过。

有问题请联系寡人sobereva[at]sina.com。