原子-残基B因子/rmsf转换小工具ba2r

文献一般都是比较残基的B因子或者rmsf,而一般算出来的都是原子的B因子或者RMSF,寡人写的这个ba2r工具就是用来将它们转换的,ba2r会输出残基号和残基B因子/rmsf两列内容,方便做图。输入的pdb不需要做任何修改,带着各种注释性的文字无妨,会自动跳过去。

下载地址/usr/uploads/file/20150605/20150605002643_62620.rar

pdb的格式比麻烦,我把我写的发上来,方便大家编需要读取pdb的程序
read(unit=10,fmt="(a6,i5,1x,a4,a1,a3, 1x,a1,i4,a1,3x,3f8.3 ,2f6.2,6x,a4,a2,a2)",iostat=error) &
a(i)%nouse,a(i)%serial,a(i)%name,a(i)%altloc,a(i)%resname,&
!1 - 6 Record name "ATOM "
!7 - 11 Integer serial 原子序列号
!13 - 16 Atom name 原子名
!17 Character altLoc 交替位点标识
!18 - 20 Residue name resName 残基名
a(i)%chainid,a(i)%resseq,a(i)%icode,a(i)%x,a(i)%y,a(i)%z,&
!22 Character chainID 链标识符
!23 - 26 Integer resSeq 残基序列号
!27 AChar iCode 残基的插入代码
!31 - 38 Real(8.3) x X坐标
!39 - 46 Real(8.3) y Y坐标
!47 - 54 Real(8.3) z Z坐标
a(i)%occupancy,a(i)%tempfactor,a(i)%segid,a(i)%element,a(i)%charge
!55 - 60 Real(6.2) occupancy 空间大小
!61 - 66 Real(6.2) tempFactor 温度因数
!73 - 76 LString(4) segID 段标识符,左对齐
!77 - 78 LString(2) element 元素符号,右对齐
!79 - 80 LString(2) charge 原子的价位


软件的Readme:

此软件有三个功能
1.将pdb中的原子B因子转换为残基B因子(原子B因子取平均)
2.将g_rmsf输出的或者此软件第3个功能输出的原子rmsf的.xvg转换为残基的rmsf(原子rmsf取平均)
3.将蛋白质原子B因子转换为原子的rmsf。


运行后首先输入选择哪个功能,然后输入文件名,例如f:\study\1.pdb,处理完的结果存于程序当前目录下。输出的文件名见提示。

pdb中的B因子单位都是埃^2,rmsf的单位都是nm

第一个和第三个功能需要输入pdb文件。第二个功能需要输入pdb文件和原子的rmsf文件,两个文件内容需要对应,pdb用来判断出哪些原子属于哪些残基。

例如,将1.pdb的B因子转化为残基的rmsf。首先用第3个功能得到其原子的rmsf文件rmsf-atomic.txt,再选择第2个功能,分别输入1.pdb和rmsf-atomic.txt即可得到rmsf-residue.txt。


B因子转换为rmsf的公式为 rmsf^2=B*3/8/pi^2

输入的pdb不必事先手动处理,不必删掉开头或者TER,会自动选择读取其中有用内容。
输入的.xvg如果来自g_rmsf,开头的内容也无需手动删掉,会自动略过。


有问题请联系寡人sobereva[at]sina.com

添加新评论