Amber10安装方法

Amber10安装方法
文/Sobereva    2009-Oct-1


这里使用虚拟机中新装的RHEL5U1-64bit系统作为例子。

编译环境:
主机:Q6600,2G,XP-SP2。虚拟机:vmware6.0.1,RHEL5U1-64bit,双核,512MB,10GB,默认分区,bash,root,intel-MKL-10.0.4.023,intel fortran compiler 10.1.015,gcc 4.1.2,mpich2-1.0.7/lam-7.1.4。工作目录/sob。

到intel网站免费下载linux的MKL和ifc(皆Intel 64版),在邮箱里得到相应安装所需的.lic文件。

默认设置安装intel fortran compiler到默认文件夹(opt/intel/fce/10.1.015)
在/root/.bashrc中添加:
source /opt/intel/fce/10.1.015/bin/ifortvars.sh (会加入一些信息到/etc/profile)
export FC=/opt/intel/fce/10.1.015/bin/ifort
(如果安装时提示缺少libstdc++.so.5,下载这个rpm文件,并安装进系统: ftp://fr2.rpmfind.net/linux/opensuse/distribution/10.3/repo/oss/suse/x86_64/compat-libstdc++-5.0.7-86.x86_64.rpm   此文件在本贴附件中)

默认设置安装MKL到默认文件夹(/opt/intel/mkl/10.0.4.023)
在/root/.bashrc中添加:
export MKL_HOME=/opt/intel/mkl/10.0.4.023
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/intel/mkl/10.0.4.023/lib/em64t

输入bash使环境变量生效

并行环境可以用mpich2或lammpi或intel mpi


===========用mpich2===============
到http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2/ 下载mpich2-1.0.7.tar.gz
mpich2-1.0.7.tar.gz解压到/sob/mpich2-1.0.7,进入此目录,运行:
./configure
make
make install          (此时编译好的mpich2的文件已经被安装到默认路径/usr/local的各个子目录下)
touch /etc/mpd.conf
chmod 700 /etc/mpd.conf

将下面加入/etc/mpd.conf:
secretword=<secretword>            (比如secretword=ltwd)
(输入mpd&,然后mpdtrace是否能显示主机名,如果能出现代表安装成功。
如果提示诸如gethostbyname_ex failed for xxx,xxx是主机名,则修改/etc/hosts,加入<ip号> <主机名称> <主机别名>,比如192.168.2.3 f7 f7)

===========用lam-mpi===============
到http://www.lam-mpi.org/7.1/download.php下载lam-7.1.4
解压到/sob/lam-7.1.4,进入此目录,运行:
./configure
make

make install

===========用intel mpi=============
到intel官方网站下载intel mpi for linux的30天评估版,从填写的电子邮箱中得到.lic
解压压缩包,并把.lic放进解压后的目录里,运行./install.sh用默认设置和目录安装。

也可以从verycd上下载Linux版Intel Cluster Toolkit Compiler V3.1.1,内含ifort、icc、MKL、mpi、debugger等,没有时间限制。挂载到linux之后先复制到硬盘某目录,注意目录不能有空格,进入这个目录后,将Crack子目录下的.lic复制到当前目录,并运行chmod 777 -R *  之后执行./install.sh按说明安装。

安装好后将此加入/root/.bashrc: export PATH=$PATH:/opt/intel/impi/3.1/bin



在/root/.bashrc中添加:
export MPI_HOME=/usr/local    (如果是intel mpi,目录写/opt/intel/impi/3.1)
export AMBERHOME=/sob/amber10
export PATH=$PATH:/sob/amber10/bin

输入bash使环境变量生效

将AmberTools-1.2.tar.bz2解压至/sob/amber10
将amber10.tar.bz2也解压至/sob/amber10,使两个压缩包的文件在一个目录下
下载最新的amber10的bugfix,http://amber.scripps.edu/bugfixes/10.0/bugfix.all,复制到/sob/amber10目录中,改名为bugfixab.all
下载最新的AmberTools1.2的bugfix,http://amber.scripps.edu/bugfixes/AmberTools/1.2/bugfix.all,复制到/sob/amber10目录中,改名为bugfixat.all
/sob/amber10> chmod 777 -R *
/sob/amber10> patch -p0 -N -r patch-rejects < bugfixab.all
/sob/amber10> patch -p0 -N -r patch-rejects < bugfixat.all
/sob/amber10/src> ./configure_at gcc
更改config.h中FC=gfortran为FC=ifort,FFLAG中的-O1改为-O3,并加上-axT,删除-fno-automatic。
/sob/amber10/src> make -f Makefile_at
/sob/amber10/src> ./configure_amber ifort
更改config_amber.h中FOPTFLAGS中的-axWP为-axT
/sob/amber10/src> make serial  (使用intel mpi可能出现和netcdf相关的错误,make clean然后重新make serial就能解决)
/sob/amber10/src> make clean
/sob/amber10/src> ./configure_amber -mpich2 ifort  (若用lammpi,把-mpich2改为-lam。若用intel mpi,把-mpich2改为-intelmpi)
更改config_amber.h中FOPTFLAGS中的-axWP为-axT
/sob/amber10/src> make parallel

***安装pmemd***
/sob/amber10/src/pmemd> ./configure linux_em64t ifort mpich2 bintraj (也支持其它并行环境,见./configure --help)
更改config.h中F90_OPT_HI中的-xP为-axT
/sob/amber10/src/pmemd> make install
***************

安装完毕,进行测试

测试串行版本:
/sob/amber10/test>make test
/sob/amber10/test>make test.serial.QMMM
我这里bintraj和divcon是failure,其它都PASS,应该是程序自身的bug。

测试并行版本:
如果用lam-mpi,把/root/.bashrc中设定的环境变量都复制到某个用户的主目录下的.bashrc,然后登陆到那个用户再执行下列命令,因为root用户不能启动lamboot。
/sob/amber10/test>mpd&               (若用lam-mpi,输入lamboot。若用intel mpi,输入mpdboot)
/sob/amber10/test>export DO_PARALLEL='mpirun -np 2'      (有些项目需要-np 4并行,-np 2时自动跳过)
/sob/amber10/test>make test.parallel  全部PASS
/sob/amber10/test>make test.parallel.QMMM  全部PASS
为节省空间,此后可删掉test目录。src目录下除了mm_pbsa目录以外都可以删掉节省空间,因为mm_mmpbsa.pl在执行时还需要那个文件夹里的文件。



此外,还有一种更简单的安装方法,直接调用amber10里面自带的lam-7.1.3的配置脚本。
MKL、ifort安装过程不变。然后略过装lam-7.1.4那步,也不用设MPI_HOME。其它过程都不变,一直到make serial并且make clean之后,输入
./configure_amber -lamsource ifort
更改config_amber.h中FOPTFLAGS中的-axWP为-axT
./configure_lam   (这步自动将自带的lam-7.1.3装上)
make parallel
就装好了,测试步骤同上



PS:
Intel的CPU为提高性能一定要用ifort。C语言编的部分运算量不大,除非要用ambertools中NAB做长时间模拟,否则一般不需要用icc,也无须专门设置优化参数。
用不用MKL对性能影响约1/6。
ambertools基本上只有自带的MOPAC7是fortran语言编的,用不到半经验方法的话用gfortran对性能不会有什么损失。
系统不要用太新或者太旧的版本,自带库文件版本和编译器版本有异等因素都可能造成编译失败,RHEL5U1、Fedora7是我推荐的。
-axT是优化选项,针对Core2架构,对不同类型intel的CPU应当用不同优化选项,详见/opt/intel/fce(or cce)/10.1.015/doc/Doc_index.htm,进入Document那项,选Optimizing Applications-Using Compiler Optimizations

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