第一届北京科音分子动力学与GROMACS培训班的通知

本次培训详情请进入此链接查看: http://www.keinsci.com/workshop/1KGMX.html


简介

北京科音自然科学研究中心(www.keinsci.com)将于2017年1月18日至20日于北京开办“第一届北京科音分子动力学与GROMACS培训班”。

分子动力学方法自诞生至今已有半个世纪的历史,是分子模拟技术的关键组成,如今在溶液、生物大分子、聚合物、无机材料、纳米技术等研究领域中已成为不可或缺的研究方法之一,2013年诺贝尔化学奖更是与分子动力学直接相关。GROMACS因其高效、免费、灵活、易用等优点,成为了目前用户最多、使用最广泛的分子动力学程序,它也是踏入分子动力学研究领域最优先应当掌握的程序之一。

北京科音自然科学研究中心自2015年起已成功举办过六届计算化学相关培训,以其高质量得到了学员们广泛好评,显著提升了学员们的理论基础和应用水平。本次我们首次开设分子动力学与GROMACS培训,将一如既往继承历届培训的高品质。培训中将会用简单易懂的语言和丰富的实例,以最好、最快的方式带领初学者顺利踏入分子动力学模拟的大门,在了解分子动力学基础知识的同时能够通过GROMACS程序顺利、合理地完成各种常见体系的分子动力学模拟任务,并学会如何对结果进行分析处理来获得所需数据。

 

主讲人

卢天 博士

卢天博士现任北京自然科学研究中心主任,在量子化学与分子模拟领域有长期深入的研究,发表SCI论文30余篇,被引用近2000次。担任诸多知名理论、计算化学类期刊审稿人。个人介绍见:http://www.keinsci.com/members/Tian_Lu.shtml

 

培训内容

本次培训内容如下(以实际为准):

  • 分子动力学与GROMACS概述
  • 分子力场
  • 分子动力学的基本原理与算法
  • VMD的使用与分析脚本的编写
  • 模拟体系建模与Packmol程序的使用
  • GROMACS的使用基础
  • 气相小分子与分子团簇的模拟
  • 小分子液体的模拟与性质的计算
  • 多相体系的模拟
  • 蛋白质的模拟与结构分析
  • 核酸的模拟
  • 生物膜的模拟
  • 膜蛋白的模拟
  • 金属的模拟
  • 纳米球、板、管的模拟
  • aRDG方法图形化分析弱相互作用
  • 粗粒化模拟
  • 结合/溶解自由能的计算
  • 加速采样技术

此次培训所用幻灯片将以纸质方式打印装订作为讲义提供给每位学员。培训过程配有丰富的练习,教师会亲自指导学员上机操作,以确保所有学员参加培训后都能够顺利完成讲授的各种分子动力学计算任务。参加培训的学员请尽可能自带笔记本电脑以便练习。

本次培训侧重于基础,同时包含一部分中级内容。适合零基础或刚开始开展分子动力学研究的研究生、青年教师参加。由于本培训系统性强、涉及的体系较广,对于已经有一定研究经验的分子动力学工作者,参加本培训也能起到查缺补漏的效果。

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